结论概述：公司负责人不按公司制度办事，可能涉及违反公司章程、内部管理规定及法律法规，处理方式需根据具体情况，包括内部处理、法律途径及预防措施等多个角度进行综合考量。
一、内部处理角度
制度审查与完善：
- 首先，应审查公司制度是否完善、明确，是否存在漏洞或模糊地带，导致负责人有机可乘。
- 若制度存在缺陷，应及时修订和完善，确保制度的严谨性和可执行性。
内部沟通与警告：
- 与负责人进行沟通，明确指出其违反制度的行为，并要求其立即改正。
- 可以给予口头或书面警告，并记录在案，作为后续处理的依据。
内部纪律处分：
- 根据公司制度，对违反规定的负责人给予相应的纪律处分，如警告、罚款、降职、解雇等。
- 处分应公正、合理，且符合公司制度和相关法律法规的规定。
二、法律途径角度
股东诉讼：
- 如果负责人的行为损害了公司或其他股东的利益，股东可以依据《公司法》等相关法律法规，提起股东代表诉讼或直接诉讼。
- 股东代表诉讼是指股东以自己的名义代表公司提起诉讼，要求负责人承担赔偿责任。
- 直接诉讼是指股东直接以自己的名义提起诉讼，要求负责人赔偿因其违法行为给股东造成的损失。
公司解散与清算：
- 在极端情况下，如果负责人的行为严重损害了公司利益，且无法通过其他途径解决，股东可以考虑提起公司解散之诉。
- 公司解散后，将进行清算程序，以处理公司的剩余财产和债务。
三、预防措施角度
加强制度建设：
- 建立健全的公司制度，明确各岗位的职责和权限，确保制度的全面性和可操作性。
- 定期对制度进行审查和更新，以适应公司发展的需要。
强化监督机制：
- 设立独立的监督机构或岗位，如监事会、内部审计部门等，对负责人的行为进行监督和检查。
- 鼓励员工举报违法行为，建立举报奖励制度，提高员工参与监督的积极性。
提升法律意识：
- 加强对负责人的法律培训和教育，提高其法律意识和合规意识。
- 定期组织法律知识讲座或培训活动，让负责人了解相关法律法规和公司制度的要求。
四、特殊情况处理
- 如果负责人的行为涉嫌犯罪，如贪污、受贿、挪用资金等，应立即向公安机关报案，并配合调查工作。
- 在处理过程中，应确保程序的合法性和公正性，避免侵犯负责人的合法权益。
后续行动建议：
- 在处理此类问题时，建议公司先尝试通过内部机制解决，如沟通、警告、纪律处分等。
- 如果内部机制无法解决问题，再考虑通过法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁等。
- 在整个处理过程中，应保持冷静和理性，避免情绪化决策，确保处理结果的公正性和合理性。
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