针对部门负责人不执行制度的情况，核心处理思路是依据制度性质、公司层级架构及具体情节，分情况采取内部沟通、制度修订、向上反馈或法律追责等措施。以下从不同角度展开分析：

1. 先确认制度性质与执行依据

• 若制度是公司正式发布的规章制度（如员工手册、部门管理规范），且已通过民主程序（如职工代表大会讨论）或公示告知，则具有法律效力，部门负责人必须执行。此时可先通过内部沟通提醒其履行职责，明确制度依据及不执行的后果（如影响团队考核、个人绩效等）。
• 若制度是部门内部临时约定或未正式发布的文件，需先评估其合法性。若内容违反法律（如克扣工资、强制加班），即使负责人不执行，员工也可直接拒绝并保留证据。

2. 区分“不执行”的具体情节

• 情节较轻（如拖延执行、选择性执行）：
  可通过书面提醒（如邮件、工作群）明确制度要求，并抄送其上级或人力资源部门，形成书面记录。若负责人仍不改正，可依据公司《奖惩条例》申请对其扣减绩效或通报批评。
• 情节严重（如公然违反、造成损失）：
  若其行为已导致公司利益受损（如财务违规、安全事故），可依据《劳动合同法》第39条，以“严重违反规章制度”为由解除其劳动合同，但需注意：
  
  • 制度中需明确“严重违反”的具体情形；
    
  • 解除程序需合法（如提前通知工会、送达解除通知）。

3. 利用公司层级架构推动解决

• 若部门负责人直属上级（如分管副总）仍包庇其行为，可向公司最高管理层（如总经理、董事会）或审计/监察部门反馈，提交书面材料（包括制度条款、不执行证据、损失说明），要求介入调查。
• 若公司无明确反馈渠道，可依据《劳动争议调解仲裁法》向劳动监察部门投诉，或通过工会协调解决。

4. 法律风险防范建议

• 对公司：需定期审查制度合法性，确保通过民主程序并公示；对关键岗位（如财务、采购）建立双人监督机制，避免个人权力滥用。
• 对员工：若因负责人不执行制度导致自身权益受损（如未发加班费），可收集证据（如考勤记录、工作邮件）申请劳动仲裁，要求公司补发工资或赔偿。

提示：具体处理需结合制度内容、公司架构及实际损失综合判断。若有进一步细节（如制度条款、不执行的具体行为），可向我补充说明，我会结合案例给出更精准的建议。