结论：劳动争议诉讼败诉后，仍可通过稽核科投诉要求补缴社保，二者分属不同法律程序，互不影响。以下从法律关系、程序衔接、实务操作三个维度展开分析：
一、法律关系层面：诉讼与稽核投诉分属不同救济路径
劳动争议诉讼：依据《劳动争议调解仲裁法》第二条，其解决的是劳动者与用人单位之间因确认劳动关系、劳动合同履行、解除、终止及经济补偿等发生的争议。社保补缴争议若被纳入诉讼范围，通常以“用人单位未依法缴纳社保导致劳动者损失”为请求权基础（如要求赔偿养老金损失），而非直接要求补缴社保。
稽核投诉：依据《社会保险法》第六十三条、第八十二条，社保稽核是社保行政部门的法定职责，劳动者可向当地社保经办机构稽核科投诉用人单位未依法缴纳社保的行为，要求行政部门责令用人单位补缴。该程序属于行政救济，与民事诉讼的司法救济路径并行不悖。
关键点：诉讼败诉仅表明劳动者通过司法途径主张的“损失赔偿”未获支持，但不影响其通过行政途径主张“补缴社保”的法定权利。二者请求权基础不同，不构成“一事不再理”。
二、程序衔接层面：诉讼败诉不构成稽核投诉的障碍
诉讼与稽核投诉的独立性：劳动争议诉讼解决的是民事权益争议，而社保稽核解决的是行政违法行为。即使诉讼中法院未支持劳动者的社保相关诉求（如因证据不足或请求权基础错误），劳动者仍可就同一用人单位的社保违法行为向稽核科投诉。
实务中的常见情形：若劳动者在诉讼中仅主张“赔偿未缴纳社保的损失”（如养老金损失），而未明确要求“补缴社保”，则诉讼败诉后，劳动者仍可通过稽核投诉要求补缴；若诉讼中已明确要求补缴社保但被驳回（如因超过仲裁时效），稽核科可能以“已过行政处理时效”为由拒绝受理，但需结合具体时效规定判断（如《社会保险法》未明确规定补缴时效，部分地区规定2年稽核期限）。
建议操作：向稽核科投诉时，需明确要求“补缴社保”而非“赔偿损失”，并提交劳动合同、工资记录等证明劳动关系及缴费基数的证据，以避免被以“与诉讼请求重复”为由驳回。
三、实务操作层面：稽核投诉的流程与注意事项
投诉材料准备：需提交身份证复印件、劳动关系证明（如劳动合同、工资流水、工作证等）、用人单位未缴纳社保的证据（如社保缴费记录、单位出具的未缴纳证明等），并填写《社会保险投诉登记表》。
稽核处理流程：社保经办机构受理投诉后，会向用人单位发出《社会保险稽核通知书》，要求其提供缴费账目、工资表等材料。若用人单位未按时提供或拒不补缴，社保部门可依据《社会保险法》第六十三条，查询用人单位账户、划拨社保费或申请法院强制执行。
时效问题：虽然《社会保险法》未明确规定补缴社保的行政处理时效，但部分地区（如北京、上海）规定社保稽核期限为2年（自用人单位违法行为终止之日起计算）。若用人单位违法行为持续存在（如一直未缴纳社保），则不受2年期限限制。
风险提示：若用人单位已进入破产程序或无力补缴，即使稽核投诉成功，劳动者也可能面临无法实际受偿的风险。此时可考虑通过劳动仲裁主张经济补偿（如依据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条，以“未依法缴纳社保”为由解除劳动合同并要求补偿）。
总结：劳动争议诉讼败诉后，劳动者仍可通过稽核科投诉要求补缴社保，但需注意区分诉讼请求与稽核请求的差异，并准备充分的证据材料。若涉及时效或执行问题，可进一步结合具体案情制定策略。如有疑问，可直接向我咨询社保补缴、劳动争议解决等领域的法律问题。