在开票金额比合同金额高且双方协商一致的情况下，可以签订补充协议调整款项，但能否不重新开票需分情况讨论，具体分析如下：

1. 从合同变更的角度
   根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可以变更合同。因此，双方可通过补充协议明确调整后的合同金额及付款方式，此变更具有法律效力。但需注意：

   • 补充协议应明确约定原合同金额与开票金额的差异处理方式（如差额部分是否视为价外费用、是否需另行支付等）；
     
   • 若原合同已约定“开票金额与合同金额必须一致”，则需通过补充协议修改该条款，否则可能引发争议。

2. 从税务合规的角度
   根据《发票管理办法》第十九条，销售方开具发票的金额应与实际交易金额一致。若开票金额高于合同金额且未通过补充协议合法化，可能面临以下风险：

   • 税务机关核查风险：若被认定为“虚开发票”（如无实际交易支撑差额部分），可能被处以罚款甚至追究刑事责任；
     
   • 企业所得税风险：买方若将差额部分计入成本，可能因无法提供合法凭证而被税务机关调整应纳税所得额。
     合规建议：
     
   • 若差额部分有合理依据（如合同履行过程中新增服务、数量变更等），应在补充协议中明确差额构成，并重新开具与调整后金额一致的发票；
     
   • 若差额部分无实际交易支撑（如单纯提高开票金额），则必须重新开票，且差额部分可能被认定为“价外费用”需缴纳增值税。

3. 从实务操作的角度

   • 买方立场：若不重新开票，买方可能因无法取得与付款金额一致的发票而影响财务报销或税务抵扣；
     
   • 卖方立场：若不重新开票，卖方可能因开票金额与实际收款金额不一致而面临账实不符的问题，增加财务合规风险。
     折中方案：双方可协商通过“红字发票冲销原发票+重新开具新发票”的方式处理，既符合税务要求，又避免合同金额与开票金额长期不一致。

总结建议：

1. 优先通过补充协议明确差额部分的法律性质（如是否属于价外费用、是否需支付对价等），并重新开具与调整后金额一致的发票；
   
2. 若因特殊原因无法重新开票，需确保差额部分有合法依据（如合同变更记录、双方确认的往来函件等），并留存备查以应对潜在税务核查；
   
3. 无论选择何种方式，均建议将补充协议及开票调整方案咨询专业税务人员，确保完全合规。
   

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