针对您提出的“合同跟开票数量金额不一致要什么补充”的问题，这是一个在商业交易中需要谨慎处理的重要事项。以下是我为您提供的详细解答：
一、差异原因分析
合同金额与开票金额不一致，可能由多种原因导致，包括但不限于：
- 合同变更：在合同履行过程中，双方可能对商品数量、质量、服务范围等进行了调整，但未及时更新合同或相关手续不完善。
- 折扣与优惠：卖方为促进销售或达成交易，可能给予买方折扣或优惠，若未在合同中明确约定或约定不清晰，则会导致金额差异。
- 价外费用：如运输费、装卸费、保险费等，是否包含在合同金额中及是否需要单独开票，均可能导致金额不一致。
- 计算错误或笔误：工作人员在计算或记录过程中的疏忽也可能导致金额不一致。
- 税务考虑：为避税或其他税务筹划目的，双方可能故意使开票金额与合同金额不一致（但需注意，这种行为可能涉及违法）。
- 其他特殊原因：如合同未明确约定、双方对合同条款存在误解等。
二、补充措施建议
针对上述原因，以下是一些建议的补充措施：
签订补充协议：
- 若因合同变更导致金额不一致，双方应及时签订补充协议，明确变更后的金额及重要条款，确保与原合同具有同等法律效力。
- 补充协议应详细记录变更的原因、内容、金额及对双方权益的影响。
出具更正说明：
- 若因计算错误或笔误导致金额不一致，双方可出具更正说明，明确正确的金额及更正原因。
- 更正说明应作为财务入账的附件，确保账务清晰。
明确折扣、优惠及价外费用：
- 在合同中详细列明折扣、优惠的具体条件和金额，以及价外费用的处理方式。
- 确保这些条款在发票中也有准确体现，避免金额不一致。
关注税务政策：
- 若因税务政策变化导致开票金额与合同金额不一致，双方应关注税务政策，协商确定如何承担税率调整等导致的差异。
- 及时进行税务处理和账务调整，确保税务合规性。
加强内部管理：
- 提高工作人员的责任心和业务水平，减少计算错误或笔误等人为错误。
- 建立内部财务处理流程，确保尾差处理的规范性和准确性。
三、法律风险及应对
合同金额与开票金额不一致可能引发合同纠纷和税务风险。为避免这些风险，双方应：
- 保留证据：保留与交易有关的所有证据，如合同、补充协议、发票、更正说明等，以便在纠纷发生时提供有力支持。
- 依法纳税：遵守税法规定，依法纳税，规范交易和开票行为。
- 寻求专业帮助：如差异较大或处理复杂，建议寻求专业法律顾问或律师的帮助，确保处理方案的合法性和有效性。
四、总结
合同金额与开票金额不一致是一个需要高度重视的问题。双方应严格遵守合同约定和法律法规，确保交易的真实性和合法性。在出现不一致时，应及时沟通、核实原因，并采取合法有效的措施予以解决。通过签订补充协议、出具更正说明、明确折扣优惠及价外费用、关注税务政策、加强内部管理等措施，可以有效避免潜在风险，保障交易双方的合法权益。