关于“数额不同加班费是否可以申请两次仲裁”的问题，结论是：一般情况下，如果两次加班费争议属于独立的劳动争议事项，且符合仲裁时效等条件，是可以分别申请仲裁的；但如果两次加班费争议存在关联性，或者属于同一劳动争议事项的不同部分，则可能需要在一个仲裁程序中一并处理。 以下是具体分析：

一、独立劳动争议事项的情况

如果两次加班费争议涉及的是不同的时间段、不同的加班类型（如工作日加班、休息日加班、法定节假日加班），或者基于不同的事实和理由，那么它们可能被视为独立的劳动争议事项。在这种情况下，劳动者可以分别就每次的加班费争议向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，前提是每次申请都符合仲裁时效等条件。

举例说明：

• 劳动者在2023年1月至6月期间存在工作日加班，但用人单位未支付加班费；
• 劳动者在2023年7月至12月期间又存在休息日加班，用人单位同样未支付加班费。

这两种情况分别涉及不同的时间段和加班类型，劳动者可以分别就这两个时间段的加班费争议申请仲裁。

二、关联性劳动争议事项的情况

如果两次加班费争议存在关联性，或者属于同一劳动争议事项的不同部分，那么劳动争议仲裁委员会可能会要求劳动者在一个仲裁程序中一并处理。这是为了提高仲裁效率，避免重复仲裁和司法资源浪费。

举例说明：

• 劳动者主张用人单位长期未支付加班费，涉及多个时间段和加班类型；
• 在仲裁过程中，劳动者发现其中一部分加班费的计算存在错误或遗漏，需要补充申请仲裁。

在这种情况下，劳动争议仲裁委员会可能会要求劳动者在原仲裁程序中补充申请或修正申请，而不是分别申请两次仲裁。

三、仲裁时效等条件的考虑

无论哪种情况，劳动者在申请仲裁时都需要考虑仲裁时效等条件。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者需要在知道或应当知道加班费未支付之日起一年内申请仲裁，否则可能会丧失胜诉权。

四、建议与注意事项

1. 及时申请仲裁：劳动者在发现用人单位未支付加班费时，应及时收集证据并申请仲裁，避免超过仲裁时效。
2. 全面准备证据：在申请仲裁时，劳动者需要准备充分的证据来证明加班事实、加班时间以及用人单位未支付加班费的情况。
3. 咨询专业律师：如果劳动者对仲裁程序、证据准备等方面存在疑问或困惑，可以向专业律师咨询以获取更具体的法律建议和指导。

综上所述，数额不同的加班费是否可以申请两次仲裁取决于具体情况。如果两次加班费争议属于独立的劳动争议事项且符合仲裁时效等条件，则可以分别申请仲裁；如果存在关联性或属于同一劳动争议事项的不同部分，则可能需要在一个仲裁程序中一并处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。