结论前置：公司起诉员工并不影响员工继续主张加班费的权利，员工能否获得加班费，关键在于是否符合法律规定的加班费支付条件，以及能否提供充分的证据证明加班事实的存在。
详细分析：
公司起诉与员工主张加班费的关系：
- 公司起诉员工，可能是基于多种原因，如员工违反公司规章制度、泄露商业秘密、未履行工作职责等，但这并不直接关联到员工是否有权主张加班费。
- 加班费是员工因超出正常工作时间工作而应得的报酬，其主张权利不因公司是否起诉员工而受到影响。
加班费支付的法律条件：
- 根据《劳动法》及相关规定，员工在超出正常工作时间工作的情况下，有权获得加班费。
- 加班费的具体支付标准，如工作日加班、休息日加班、法定节假日加班的工资倍数，均有明确规定。
员工主张加班费的关键证据：
- 员工需要提供充分的证据证明加班事实的存在，如加班记录、考勤表、工作邮件、工作记录等。
- 如果员工无法提供有效证据，即使实际上存在加班情况，也可能因证据不足而无法获得加班费。
公司起诉对员工主张加班费的可能影响：
- 如果公司起诉员工的同时，也否认员工存在加班情况，那么员工在主张加班费时，除了需要证明加班事实外，还需要应对公司的反驳和证据。
- 在这种情况下，员工可能需要更加谨慎地准备证据，甚至可能需要寻求法律援助或专业律师的帮助，以更有效地维护自己的权益。
法律建议：
- 如果员工认为自己有权获得加班费，无论公司是否起诉，都应积极收集证据，准备主张自己的权利。
- 在与公司沟通或协商时，员工可以明确表达自己的加班情况和加班费主张，并要求公司给予合理回应。
- 如果公司拒绝支付加班费或双方无法达成一致，员工可以考虑通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果员工能够提供充分证据证明加班事实的存在，并且符合法律规定的加班费支付条件，那么员工有权获得加班费，公司应当支付。
- 如果员工无法提供有效证据或不符合法律规定的加班费支付条件，那么员工可能无法获得加班费，甚至可能因主张不当而承担一定的法律责任（如诉讼费用等）。但这种情况较为少见，且通常与员工的实际加班情况无关。
进一步思考：
- 员工在主张加班费时，除了关注法律条件和证据收集外，还应了解公司的加班政策和规定，以便更好地与公司沟通和协商。
- 如果员工对公司是否支付加班费存在疑问或争议，可以及时咨询专业律师或劳动仲裁机构，以获取更准确的法律意见和帮助。