结论：厂里只发超出5000以外的工资，这种做法一般是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
工资发放的合法性原则
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，工资的发放应当是全面的，包括劳动者应得的所有报酬，而不应仅限于超出某个特定数额的部分。
具体分析
工资构成：
- 工资通常包括基本工资、奖金、津贴、补贴等多个部分。这些部分共同构成了劳动者的劳动报酬，用人单位应当全部支付给劳动者。
- 如果用人单位只发放超出5000元以外的工资，那么实际上是在剥夺劳动者应得的基本工资和其他报酬，这是违法的。
个税起征点与工资发放：
- 个税起征点（目前为5000元/月）是个人所得税的征税起点，与用人单位向劳动者支付工资的合法性无关。
- 即使劳动者的工资超过了个税起征点，用人单位也应当全额支付工资，并依法代扣代缴个人所得税。
劳动合同与工资约定：
- 劳动合同是用人单位与劳动者之间约定劳动条件和劳动报酬的重要法律文件。
- 如果劳动合同中明确约定了工资的构成和支付方式，用人单位应当按照约定执行。如果用人单位违反约定，只发放超出5000元以外的工资，那么劳动者有权要求用人单位按照劳动合同的约定支付全额工资。
可能的法律后果
- 如果用人单位坚持只发放超出5000元以外的工资，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位纠正违法行为并支付全额工资。
- 劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及相应的经济补偿。
- 在极端情况下，如果用人单位的行为构成恶意拖欠工资，劳动者还可以向公安机关报案，追究用人单位的刑事责任。
建议
- 如果你遇到了这种情况，首先应当与用人单位进行沟通，明确要求用人单位按照劳动合同的约定和国家规定支付全额工资。
- 如果沟通无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
希望以上分析能够帮助你更好地理解这个问题。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。