结论：挂靠公司因挂靠费未付清而扣车，这一行为是否合法需分情况讨论，一般情况下不合法，但在特定条件下可能存在合法性。以下从不同角度进行详细分析：
一、从合同关系角度分析
合同约定：
- 如果挂靠协议中明确约定了，在挂靠费未付清的情况下，挂靠公司有权扣留车辆作为担保或采取其他措施，那么这一行为在合同层面可能具有合法性，但前提是该约定不违反法律法规的强制性规定。
- 然而，即便合同中有此类约定，挂靠公司也不能随意扣车。扣车行为应当遵循合同约定的程序和条件，且不得损害挂靠方的合法权益。例如，合同可能规定在挂靠费逾期一定期限后，挂靠公司有权通知挂靠方并给予一定的宽限期，在宽限期届满后仍未支付的情况下，方可采取扣车等措施。
无合同约定或约定不明：
- 如果挂靠协议中没有明确约定扣车条款，或者约定不明确，那么挂靠公司因挂靠费未付清而扣车，就缺乏合同依据，这一行为通常被视为不合法。
二、从法律规定角度分析
物权保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，车辆作为挂靠方的财产，其所有权受法律保护。挂靠公司无权擅自扣留或处分挂靠方的车辆，除非得到挂靠方的明确授权或基于法律规定的情形（如法院执行等）。
侵权责任：
- 如果挂靠公司未经挂靠方同意擅自扣车，可能构成对挂靠方财产权的侵害，挂靠方有权要求挂靠公司停止侵害、返还车辆，并可能要求赔偿因此造成的损失。
三、从实际操作角度分析
协商解决：
- 在挂靠费未付清的情况下，挂靠公司和挂靠方应当首先通过协商的方式解决纠纷。双方可以就挂靠费的支付方式、期限等达成新的协议，以避免扣车等不必要的冲突。
法律途径：
- 如果协商无果，挂靠公司可以通过法律途径追讨挂靠费，如向法院提起诉讼或申请仲裁。在法律程序进行期间，挂靠公司无权擅自扣车。
- 如果挂靠方认为挂靠公司的扣车行为侵犯了其合法权益，也可以向法院提起诉讼或向相关部门投诉，要求挂靠公司停止侵害、返还车辆并赔偿损失。
四、特殊情况下的合法性
- 在某些特殊情况下，如挂靠方存在严重违约行为（如恶意拖欠挂靠费、利用车辆从事违法活动等），且挂靠协议中明确约定了在此类情况下挂靠公司有权采取扣车等措施，那么挂靠公司的扣车行为可能具有合法性。但即便如此，挂靠公司也应当遵循法律规定的程序和条件，确保扣车行为的合法性和合理性。
建议：挂靠公司和挂靠方在签订挂靠协议时，应当明确约定双方的权利和义务，包括挂靠费的支付方式、期限以及违约责任等。在发生纠纷时，双方应当首先通过协商的方式解决，协商无果的可以通过法律途径解决。如果你或你的公司遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。