挂靠公司暂扣款是否合法，需根据具体情况和法律规定综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法暂扣款的情况
基于合同约定：
- 如果挂靠协议中明确约定了公司有权在特定情况下暂扣款项（如挂靠方违反协议约定、存在违约行为等），且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么公司暂扣款的行为可能是合法的。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同双方可以约定一方在特定条件下享有暂扣款项的权利，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
基于法定事由：
- 如果挂靠方存在违法行为或损害公司利益的行为，公司为了维护自身合法权益，可能依法享有暂扣款项的权利。例如，挂靠方未按照约定支付费用、造成公司损失等。
- 法律依据：根据《民法典》中关于侵权责任和合同违约责任的规定，公司有权要求挂靠方承担相应的法律责任，包括暂扣款项以弥补损失。
二、非法暂扣款的情况
无合法依据暂扣：
- 如果公司没有合法的合同依据或法定事由，仅凭单方面决定或内部规定就暂扣挂靠方的款项，这种行为可能是非法的。
- 法律后果：公司可能面临被挂靠方起诉要求返还暂扣款项、赔偿损失等法律责任。
暂扣款项超出合理范围：
- 即使公司有权暂扣款项，但如果暂扣的金额超出了挂靠方应承担的费用或损失范围，超出部分也可能被视为非法。
- 法律原则：根据公平原则和诚实信用原则，公司暂扣款项应当合理、适度，不得滥用权利损害挂靠方的合法权益。
三、建议与风险提示
审查挂靠协议：
- 挂靠方应仔细审查挂靠协议中的条款，特别是关于公司暂扣款项的约定，确保自己的权益不受侵害。
保留证据：
- 如果公司暂扣款项，挂靠方应保留相关证据（如挂靠协议、付款记录、沟通记录等），以便在必要时维护自己的合法权益。
及时沟通协商：
- 发生争议时，双方应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决争议。
寻求法律帮助：
- 如果挂靠方对公司的暂扣行为有异议或认为自己的权益受到侵害，可以及时向我咨询或寻求其他专业法律帮助。
总结来说，挂靠公司暂扣款是否合法取决于具体情况和法律规定。在签订挂靠协议时，双方应明确约定各自的权利和义务，包括公司暂扣款项的条件和范围。如果发生争议或疑问，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。