挂靠公司扣货车补偿金是否合法，需分情况讨论，具体如下：
若存在合法有效的合同约定：
- 如果货车司机与挂靠公司之间签订了挂靠合同，并且合同中明确约定了补偿金的支付条件、方式以及扣除情形，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么挂靠公司按照合同约定扣除货车补偿金的行为是合法的。例如，合同中约定若货车司机违反交通规则导致公司承担罚款，公司有权从补偿金中扣除相应金额，这种情况下扣除行为就是合法的。
若不存在合法有效的合同约定或约定违法：
- 如果双方没有签订挂靠合同，或者合同中没有关于补偿金扣除的明确约定，或者约定的扣除情形违反了法律法规的强制性规定（如约定扣除的金额过高，超出了合理范围），那么挂靠公司扣除货车补偿金的行为就可能是违法的。在这种情况下，货车司机有权要求挂靠公司返还被扣除的补偿金，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，对双方具有法律约束力。如果合同中的条款违反了法律法规的强制性规定，那么该条款是无效的。因此，在判断挂靠公司扣除货车补偿金是否合法时，需要首先审查双方之间的合同约定。
- 法律建议：
- 对于货车司机而言，建议在签订挂靠合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于补偿金支付和扣除的条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果挂靠公司未经合法约定擅自扣除补偿金，货车司机可以首先与挂靠公司进行协商，要求返还被扣除的金额；如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或者通过法律途径提起诉讼，维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果挂靠公司扣除货车补偿金的行为被认定为违法，那么挂靠公司可能需要承担返还被扣除金额的责任，并可能面临罚款等行政处罚。同时，如果因此给货车司机造成损失的，挂靠公司还需要承担赔偿责任。
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