物流公司收取挂靠车辆的保证金是否合法，需分情况讨论：
若合同中有明确约定且保证金性质合法：
- 在货物买卖合同或挂靠协议中，若双方明确约定了保证金的支付、用途、退还条件等条款，且该保证金用于担保合同的履行（如确保挂靠车辆遵守物流公司的管理规定、按时完成运输任务等），不违反法律法规的强制性规定，那么物流公司收取保证金是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。虽然此处提及的是“定金”，但保证金在性质上与定金类似，均属于担保方式的一种，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，即应认定为有效。
若合同中无明确约定或保证金性质违法：
- 如果合同中未明确约定保证金的支付、用途、退还条件等条款，或者物流公司收取保证金的目的并非为了担保合同的履行，而是用于其他非法目的（如非法集资、挪作他用等），那么物流公司收取保证金的行为可能是违法的。
- 法律后果：在此情况下，挂靠车辆的车主有权要求物流公司退还保证金，并可能根据具体情况要求物流公司承担违约责任或赔偿损失。如果物流公司的行为构成犯罪（如非法集资罪等），还可能面临刑事处罚。
特殊情形下的保证金收取：
- 在某些特殊情况下，如物流公司为了保障运输安全、防止挂靠车辆违法违规等，可能会要求挂靠车辆缴纳一定数额的保证金。这种保证金如果符合行业惯例、且双方在合同中有明确约定，且不违反法律法规的强制性规定，那么也是合法的。
- 建议：对于此类特殊情形下的保证金收取，建议物流公司在合同中明确约定保证金的支付、用途、退还条件等条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。同时，挂靠车辆的车主在签订合同时也应仔细阅读合同条款，了解保证金的性质和用途，以避免不必要的纠纷。
法律建议：
- 对于物流公司而言，在收取挂靠车辆保证金时，应确保合同中有明确约定，并明确保证金的性质、用途和退还条件等条款。同时，应遵守相关法律法规的规定，不得将保证金用于非法目的。
- 对于挂靠车辆的车主而言，在签订合同时应仔细阅读合同条款，了解保证金的性质和用途。如果认为物流公司收取保证金的行为违法或不合理，有权拒绝支付或要求物流公司退还保证金。
总结：物流公司收取挂靠车辆的保证金是否合法，取决于合同中是否有明确约定以及保证金的性质是否合法。如果合同中有明确约定且保证金性质合法，那么物流公司收取保证金是合法的；反之，则可能是违法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。