货运车辆办理通行证时，挂靠公司收取费用是否合法，需分情况讨论：
若挂靠合同中有明确约定：
- 在货运车辆与挂靠公司签订的挂靠合同中，如果明确约定了办理通行证等行政审批事项需由挂靠公司代为办理，并约定了相应的服务费用，那么挂靠公司收取费用是合法的。这是因为双方已经通过合同形式对服务内容和费用进行了明确约定，挂靠公司按照约定提供服务并收取费用，符合合同法的相关规定。
若挂靠合同中无明确约定，但挂靠公司提供了实际服务：
- 如果挂靠合同中没有明确约定办理通行证等事项的费用，但挂靠公司确实为货运车辆提供了代为办理通行证的服务，并产生了实际费用（如人工费、交通费等），那么挂靠公司有权要求货运车辆承担这部分合理费用。但需要注意的是，挂靠公司收取的费用应当合理，且应当提供相应的费用明细和凭证，以证明费用的真实性和合理性。
若挂靠公司未提供实际服务或收取费用不合理：
- 如果挂靠公司没有为货运车辆提供代为办理通行证的服务，或者收取的费用明显不合理（如远高于市场价格、存在乱收费等），那么挂靠公司收取费用就是不合法的。在这种情况下，货运车辆有权拒绝支付不合理费用，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，对双方具有法律约束力。因此，在挂靠合同中明确约定服务内容和费用是保障双方权益的重要基础。同时，根据《中华人民共和国价格法》的规定，经营者不得利用优势地位强制交易或收取不合理费用。
- 建议：对于货运车辆而言，在签订挂靠合同时应当仔细阅读合同条款，特别是关于服务内容和费用的约定。如果合同中没有明确约定或约定不明确，应当及时与挂靠公司协商补充约定。在办理通行证等事项时，应当要求挂靠公司提供详细的费用明细和凭证，以确保费用的真实性和合理性。如果遇到挂靠公司乱收费或未提供服务的情况，应当及时向相关部门投诉或寻求法律援助。
可能法律后果：
- 如果挂靠公司收取费用不合法，货运车辆有权拒绝支付并可以向相关部门投诉。相关部门在查实后，可能会对挂靠公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。同时，如果挂靠公司的行为构成犯罪（如诈骗罪等），还可能承担刑事责任。
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