公司扣车的行为一般不合法，以下从不同角度进行分析：

1. 从合同关系角度：

   • 若挂靠协议中明确约定了保险过期时公司有权扣车的条款，需进一步审查该条款的合法性与合理性。根据《民法典》相关规定，合同条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。若扣车条款显失公平（如扣车时间过长、未给予合理补缴期限），可能被认定为无效条款。
   • 若协议未约定扣车权，公司擅自扣车则构成违约，需承担返还车辆、赔偿损失等民事责任。

2. 从物权法角度：

   • 车辆所有权归属是关键。若挂靠车辆实际所有权归车主所有，公司仅享有管理权或使用权，则其扣车行为可能构成对物权的侵害。根据《民法典》第二百三十五条，无权占有不动产或者动产的，权利人可以请求返还原物。
   • 若公司通过合法程序（如诉讼）主张权利，需在法院判决后申请执行，而非自行扣车。

3. 从行政监管角度：

   • 保险过期属于违反《机动车交通事故责任强制保险条例》的行为，应由交通管理部门处罚（如罚款、暂扣车辆），但处罚对象应为车主而非公司。公司无权代行行政处罚权。

4. 从侵权责任角度：

   • 公司扣车可能导致车主运营损失、车辆折旧等损害，若无法定或约定依据，需承担侵权赔偿责任。车主可要求公司停止侵害、返还车辆并赔偿损失。

建议行动：

1. 核查挂靠协议条款，明确双方权利义务；
2. 书面要求公司返还车辆，并留存沟通记录；
3. 若协商无果，可向法院提起物权保护诉讼或侵权之诉；
4. 同时向交通管理部门举报保险过期行为，由行政机关依法处理。

如有进一步细节需分析（如协议内容、扣车方式等），可直接向我咨询。