结论：农村自建房包工包料十年后主体出现问题，能否起诉包工头并赢得官司，这并非一个简单的是非问题，而是需要综合考虑多个因素，包括诉讼时效、房屋质量问题的原因、证据收集情况等。以下是对这些因素的详细分析：
诉讼时效问题：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年（特殊情况可能有所不同，如因国际货物买卖合同和技术进出口合同争议提起诉讼或者申请仲裁的期限为四年，但此情况不适用本场景）。然而，在房屋质量问题上，如果涉及的是房屋主体结构的质量问题，且该问题在房屋交付使用后的一定年限内（如合理使用寿命内）被发现，可能不受普通诉讼时效的限制，或者诉讼时效的起算点会有所不同。但十年之久，很可能已经超过了普通的诉讼时效期间，除非能证明存在诉讼时效中断或中止的情形。
- 建议：您需要尽快咨询专业律师，评估诉讼时效是否已过，以及是否存在可以中断或中止诉讼时效的法定事由。
房屋质量问题的原因：
- 房屋主体出现问题，需要明确是设计问题、施工问题还是材料问题。如果是包工头在施工或选材上存在过错，导致房屋主体结构出现问题，那么包工头应承担相应的法律责任。
- 建议：您需要收集相关证据，如房屋质量检测报告、施工图纸、材料采购凭证等，以证明房屋质量问题的原因与包工头的过错有关。
证据收集情况：
- 在起诉包工头之前，您需要收集充分的证据来支持您的主张。这包括但不限于房屋质量检测报告、与包工头的合同、付款凭证、沟通记录等。
- 建议：您应尽快联系专业的房屋质量检测机构对房屋进行检测，并保存好所有与包工头相关的合同、付款凭证和沟通记录。这些证据将对您在诉讼中的主张起到关键作用。
其他可能的影响因素：
- 除了上述因素外，还有一些其他可能影响诉讼结果的因素，如包工头的经济状况、是否已过保修期（如果合同中有约定）等。
- 建议：在起诉前，您应对包工头的经济状况进行一定的了解，并查看合同中是否有关于保修期的约定。这些信息将有助于您评估诉讼的风险和可能的赔偿金额。
综合分析：农村自建房包工包料十年后主体出现问题，能否起诉包工头并赢得官司，取决于多个因素的综合考量。如果诉讼时效未过、房屋质量问题确实由包工头的过错引起，并且您能够收集到充分的证据来支持您的主张，那么您有可能赢得官司。然而，如果诉讼时效已过、无法证明房屋质量问题与包工头的过错有关，或者证据不足，那么您可能面临败诉的风险。
最后建议：鉴于这种情况的复杂性，我建议您尽快咨询专业律师，进行详细的法律分析和证据收集工作。律师将能够根据您的具体情况，为您提供更具体的法律建议和诉讼策略。如果您有任何法律问题，特别是涉及婚姻家庭、合同纠纷领域的问题，都可以直接向我咨询。