针对您提出的“员工干满三年辞职公司怎么补偿”的问题，这实际上涉及到了劳动合同解除时的经济补偿问题，具体补偿情况需根据辞职的合法性及具体情形来确定。以下是我为您提供的详细解答：
一、合法辞职的经济补偿
协商一致解除劳动合同：
- 如果您与用人单位双方达成一致意见，决定解除劳动合同，那么用人单位需要按照您在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向您支付经济补偿。您已经干满三年，因此应支付三个月工资作为经济补偿。
- 月工资的计算方式是您劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
无过失性辞职（但此情况通常指用人单位提出解除，若您主动辞职则不适用此条，但为全面性考虑仍列出）：
- 若因您不能胜任工作，经过培训或调整岗位仍不能胜任，或劳动合同订立时的客观情况发生重大变化导致合同无法履行，且双方未能就变更合同内容达成协议，用人单位在提前三十日以书面形式通知您或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同，并支付经济补偿，标准同样为三个月工资。但需注意，这是用人单位提出解除的情况，若您主动辞职则不享受此补偿。
特殊说明：
- 对于您的情况，因为是您主动辞职，所以上述“无过失性辞职”的经济补偿并不直接适用。但如果您辞职的原因是用人单位存在违法行为（如未按时支付劳动报酬、未提供劳动条件等），您可能可以依据相关法律法规要求经济补偿。
二、您主动辞职且无用人单位违法行为的补偿情况
- 在您主动辞职且用人单位不存在违法行为的情况下，通常用人单位无需支付经济补偿。但如果您与用人单位在劳动合同中有特别约定，如辞职时给予一定补偿等，那么应按照合同约定执行。
三、违法辞职（此情况通常指您未按规定程序辞职，但为全面性考虑列出）的潜在责任
- 如果您未按照法定程序或劳动合同约定辞职，可能会给用人单位造成损失，此时用人单位有权要求您承担赔偿责任。但这不是补偿问题，而是责任问题。
四、针对您情况的建议
- 在您决定辞职前，建议先与用人单位沟通，了解辞职的具体程序和可能产生的后果。
- 如果您认为用人单位存在违法行为，可以收集相关证据，并在辞职时或辞职后依法维护自己的权益。
- 如果您与用人单位在劳动合同中有特别约定，请确保在辞职时遵守这些约定。
五、劳动争议解决途径
- 如发生劳动争议，您应首先与用人单位协商解决。
- 协商不成时，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 对仲裁裁决不服的，还可向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，对于您干满三年主动辞职的情况，如果用人单位不存在违法行为且劳动合同中没有特别约定，那么通常无需支付经济补偿。但如果您认为用人单位存在违法行为或劳动合同中有特别约定，请依法维护自己的权益。