当公司辞退工作三年的员工时，赔偿方式和金额主要依据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定来确定。以下是对此问题的详细解答：
一、合法辞退的赔偿标准
协商解除：
- 若用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同，用人单位应支付经济补偿金。
- 经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，具体为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 对于工作三年的员工，应支付三个月工资作为经济补偿金。
过失性辞退：
- 若劳动者存在严重违反用人单位规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害等情形，用人单位可以解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。
无过失性辞退：
- 若劳动者患病或非因工负伤在规定的医疗期满后不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作，或者劳动者不能胜任工作经过培训或调整工作岗位仍不能胜任工作等情形，用人单位在提前三十日以书面形式通知劳动者本人或额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。
- 在这种情况下，用人单位仍需按上述协商解除的标准支付经济补偿金，即三个月工资。
经济性裁员：
- 若用人单位因依照企业破产法规定进行重整等原因需要裁减人员二十人以上或裁减不足二十人但占企业职工总数百分之十以上的，应提前三十日向工会或全体职工说明情况，听取意见后将裁减人员方案经劳动行政部门报告后实施。
- 被裁减的员工同样有权获得经济补偿金，标准为每满一年支付一个月工资，因此工作三年的员工应获得三个月工资的经济补偿金。
二、违法辞退的赔偿标准
- 若用人单位违反法律规定解除劳动合同，如未提前通知、未支付代通知金或未依法支付经济补偿金等，则属于违法辞退。
- 在这种情况下，用人单位应按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
- 因此，对于工作三年的员工，如果遭遇违法辞退，应获得六个月工资的赔偿金（即三个月工资的经济补偿金的两倍）。
三、月工资的计算方式
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等。
- 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
四、特殊注意事项
- 对于孕期、产期、哺乳期的女职工以及工伤或职业病员工等特殊群体，即使被合法辞退，也需额外注意其权益保护，可能涉及额外的补偿或补助。
- 经济补偿金在当地职工平均工资三倍以内的部分免税，超出部分需按个人所得税规定缴纳。
- 若员工对辞退决定或补偿有异议，可与用人单位协商解决；协商不成可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不服还可向人民法院提起诉讼。
综上所述，三年员工被辞退的赔偿问题需根据具体情况判断。合法辞退时，通常支付三个月工资的经济补偿金；违法辞退时，则需支付六个月工资的赔偿金。同时，还需注意特殊群体的权益保护和争议解决途径。