结论：在综合工时制下，月工资3500元且月休2天的情况下，是否有加班费需根据具体的工作时间安排和法律规定来判断。若实际工作时间超过了法定标准工作时间，则超出部分应视为加班，用人单位需支付加班费。
分析说明：
综合工时制的基本规定：
- 综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，而采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
- 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
加班费的计算依据：
- 根据《劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应支付加班费。
- 加班费的具体计算方式通常依据劳动合同或集体合同的约定，以及用人单位的规章制度来确定。在无约定或规定的情况下，一般按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%、200%、300%支付加班费，具体取决于加班的时间段（工作日、休息日、法定节假日）。
月休2天与加班费的关系：
- 月休2天意味着劳动者在一个月内只有2天的休息时间，这明显少于法定的休息日数量。然而，判断是否有加班费的关键在于实际工作时间是否超过了法定标准工作时间。
- 如果劳动者在综合计算周期内的实际工作时间超过了法定标准工作时间（如一个月内工作了超过176小时，假设一个月按22个工作日计算，每天8小时），则超出部分应视为加班，用人单位需支付加班费。
具体计算示例：
- 假设一个月按22个工作日计算，法定标准工作时间为176小时（22天*8小时/天）。
- 如果劳动者实际工作了200小时，则超出部分为24小时（200小时-176小时）。
- 这24小时应视为加班时间，用人单位需按照劳动合同或集体合同的约定，以及用人单位的规章制度来支付加班费。若按小时工资标准的150%计算（假设小时工资为X元），则加班费为\(24小时 * X元/小时 * 150\% = 36X元\)。
行动建议：
- 核实工作时间：劳动者应首先核实自己的实际工作时间，包括工作日、休息日和法定节假日的工作时间。
- 查看合同和制度：查看劳动合同和用人单位的规章制度，了解加班费的计算方式和标准。
- 与用人单位沟通：如果认为自己的加班费未得到合理支付，可以与用人单位进行沟通，要求按照法律规定支付加班费。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
特殊场景：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同或集体合同中明确约定了综合工时制下的加班费计算方式，且该约定不违反法律、法规的强制性规定，则应按照约定执行。
- 在某些特殊行业或岗位，如医疗、交通等，可能存在更为复杂的加班费计算方式，需根据具体情况进行判断。
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