如果公司发现员工的毕业证书是非学历证书，这确实是一个需要严肃处理的问题。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、核实情况
首先，公司需要核实该毕业证书的真实性。可以通过以下方式进行：
- 联系毕业院校：直接联系毕业证书上所标注的院校，核实该证书是否为该校颁发，以及该证书是否具有学历效力。
- 查询教育部门数据库：部分地区的教育部门提供了学历证书查询服务，可以通过官方网站或相关平台进行查询。
二、处理措施
如果核实后确认该毕业证书为非学历证书，公司可以采取以下措施：
与员工沟通：
- 告知员工公司发现其毕业证书为非学历证书的情况。
- 询问员工是否了解该证书的真实性，以及为何提供该证书。
- 根据员工的解释和态度，决定后续的处理方式。
根据公司政策处理：
- 如果公司政策明确规定必须提供真实的学历证书，且该员工的行为违反了公司政策，公司可以考虑解除与该员工的劳动合同。
- 如果公司政策较为灵活，或者员工有其他值得考虑的方面（如工作表现、能力等），公司可以考虑给予员工一定的改正机会，如要求员工在一定期限内提供真实的学历证书或进行其他形式的补偿。
法律途径：
- 如果员工的行为涉嫌欺诈或违反法律法规，公司可以考虑通过法律途径维护自身权益，如向相关部门举报或提起诉讼。
三、预防措施
为了避免类似情况再次发生，公司可以采取以下预防措施：
加强入职审查：
- 在员工入职时，要求提供详细的学历证明材料，并进行严格的核实。
- 可以考虑引入第三方机构进行学历认证，以确保学历的真实性。
完善公司政策：
- 明确公司对于学历证书的要求和标准，以及违反规定的处理方式。
- 将相关政策纳入员工手册或劳动合同中，以便员工了解和遵守。
加强员工培训：
- 定期对员工进行诚信教育，强调提供真实信息的重要性。
- 提高员工的法律意识，使其了解提供虚假信息的法律后果。
四、相关法律法规
根据《中华人民共和国教育法》第八十二条的规定，学校或其他教育机构违反规定颁发学位证书、学历证书或其他学业证书的，由教育行政部门或其他有关行政部门宣布证书无效，并责令收回或予以没收。如果员工提供的非学历证书涉及此类情况，公司有权向相关部门举报并要求处理。
总之，公司发现员工的毕业证书为非学历证书时，应首先核实情况，然后根据公司政策和相关法律法规采取相应的处理措施。同时，公司也应加强入职审查、完善公司政策和加强员工培训等预防措施，以避免类似情况再次发生。