结论：工程合同总额超出原合同金额20%后另立合同的情况，可能涉及合同变更、补充协议或新合同的签订，具体需根据双方协商、合同条款以及相关法律法规来判断其合法性和有效性。
详细解释与分析：
合同变更与补充协议：
- 在工程合同履行过程中，如果因设计变更、工程量增加等原因导致合同总额超出原合同金额的20%，双方可以协商签订变更协议或补充协议，对原合同的相关条款进行修改或补充。
- 变更协议或补充协议应明确变更的内容、金额、履行期限等关键条款，并经双方签字或盖章确认后生效。这种情况下，另立的合同（即变更协议或补充协议）是原合同的组成部分，具有同等法律效力。
新合同的签订：
- 如果双方协商一致，决定就超出部分另行签订一份全新的合同，这也是可行的。但需要注意的是，新合同应独立于原合同，明确双方的权利义务、合同金额、履行方式等关键条款。
- 新合同的签订应遵循《中华人民共和国民法典》中关于合同订立的相关规定，如双方意思表示真实、合同内容合法合规等。同时，新合同的签订不应影响原合同的履行，除非双方另有约定。
合法性与有效性判断：
- 无论是签订变更协议、补充协议还是新合同，都需要确保合同的合法性和有效性。这包括合同内容的合法性、双方主体的适格性、合同形式的合规性等。
- 如果另立的合同存在违反法律法规、损害国家利益或社会公共利益等情形，该合同可能被认定为无效或可撤销。
法律后果与风险提示：
- 如果双方未能就合同总额超出部分达成一致意见，或者另立的合同存在合法性问题，可能导致合同纠纷的发生。
- 在合同纠纷发生时，双方应首先通过协商、调解等方式解决争议。如果协商、调解无果，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
- 因此，在签订另立合同时，建议双方充分沟通、协商，并咨询专业律师的意见，以确保合同的合法性和有效性，降低法律风险。
建议：
- 在工程合同履行过程中，如果预计合同总额将超出原合同金额的20%，建议双方及时沟通、协商，并签订变更协议、补充协议或新合同来明确双方的权利义务。
- 在签订另立合同时，务必确保合同内容的合法性和合规性，并咨询专业律师的意见以规避法律风险。
- 如果发生合同纠纷，建议及时寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自身合法权益。
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