结论：在以年为周期的综合计算工时制下，法定节假日加班发放加班费后，是否还核算工时，这主要取决于具体的加班时长以及综合计算周期内的总工时情况。一般来说，法定节假日加班的工时是需要计入综合计算周期内的总工时的，但发放加班费并不意味着这部分工时就不再被核算或考虑。以下是对此问题的详细分析：
一、综合计算工时制的基本特点
综合计算工时制是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期内（如年、季、月）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。在这种制度下，超出综合计算周期总工时的部分，通常被视为加班，需要支付加班费。
二、法定节假日加班的特殊性
法定节假日是劳动者依法享受的休息日，如果劳动者在法定节假日加班，用人单位需要支付不低于工资的百分之三百的工资报酬作为加班费。这部分加班费是对劳动者在特殊时间工作的补偿，与平时的加班费有所不同。
三、法定节假日加班工时是否计入综合计算周期
计入总工时：法定节假日加班的工时是需要计入综合计算周期内的总工时的。这是因为综合计算工时制是基于一定周期内的总工时来计算的，无论这些工时是在工作日、休息日还是法定节假日产生的，都需要被纳入总工时的计算范围。
加班费与工时核算的关系：发放法定节假日加班费，并不意味着这部分工时就不再被核算或考虑。加班费是对劳动者在特殊时间工作的额外补偿，而工时核算则是为了确定劳动者在一定周期内的工作总量是否超出法定标准。因此，即使发放了加班费，法定节假日加班的工时仍然需要被计入综合计算周期内的总工时。
综合计算周期内的工时平衡：在综合计算周期结束时，如果劳动者的总工时超过了法定标准，用人单位需要支付超出部分的加班费。如果法定节假日加班的工时没有被计入总工时，那么可能会导致用人单位在计算加班费时出现偏差，从而损害劳动者的合法权益。
四、实际操作中的注意事项
准确记录工时：用人单位应准确记录劳动者在法定节假日的加班工时，以便在综合计算周期结束时进行正确的工时核算和加班费支付。
遵守法律法规：用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。在计算加班费和核算工时时，应按照法定标准进行，不得随意降低或提高。
与劳动者沟通：用人单位应与劳动者就工时核算和加班费支付等问题进行充分沟通，确保双方对相关规定有清晰的理解，避免产生不必要的纠纷。
建议：如果您在综合计算工时制下遇到了法定节假日加班工时核算的问题，或者对加班费支付有疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。