行政机关自行撤销其作出的行政决定后，已经进行的诉讼原则上应当终结，但需根据具体情况判断是否需要继续审理或变更诉讼请求。以下是具体分析：

1. 诉讼终结的法定情形
   根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十二条，若行政机关在诉讼过程中自行撤销、变更或废止被诉行政行为，且原告同意并申请撤诉，法院经审查符合法定条件的，应裁定终结诉讼。此时，诉讼程序因行政行为的自我修正而失去继续审理的必要性。

2. 原告坚持诉讼的例外处理
   若原告拒绝撤诉或对撤销后的法律状态存在争议（例如：

   • 认为行政机关撤销行为违法；
     
   • 要求确认原行政行为违法并主张赔偿；
     
   • 撤销后行政机关未彻底解决争议，如未返还财产或恢复原状），
     法院应继续审理原行政行为的合法性，并可依据《行政诉讼法》第七十四条第二款判决确认原行政行为违法，同时根据原告请求判决行政机关承担赔偿责任。

3. 诉讼标的变更的特殊情况
   若行政机关撤销原决定后重新作出新的行政行为，且原告对新行为不服，法院应告知原告针对新行为另行起诉。此时原诉讼与新诉讼属于不同法律关系，需分别立案审理。

实务建议：

• 若您作为原告，需在收到行政机关撤销通知后及时向法院提交书面意见，明确是否同意撤诉或坚持诉讼，并说明理由；
  
• 若行政机关撤销行为存在程序违法（如未听取陈述申辩），可同步主张撤销行为违法并要求赔偿；
  
• 建议全程保留原行政决定、撤销通知、诉讼材料等证据，以备法院审查。

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