质保金的扣除方式，既可以在完工结算时扣除，也可以根据合同约定单独出具相关手续进行扣除，具体取决于合同双方的约定以及行业惯例。以下是对这一问题的详细分析：
合同约定优先：
- 在建设工程合同中，质保金的扣除方式通常会在合同中明确约定。如果合同中明确规定了质保金在完工结算时一并扣除，那么双方就应按照合同约定执行。
- 如果合同中约定质保金单独出具相关手续进行扣除，比如通过开具质保金保函、设立专门账户等方式，那么也应遵循合同约定。
行业惯例与实际操作：
- 在建设工程领域，质保金的扣除方式可能因行业惯例或地区差异而有所不同。有些地区或行业可能更倾向于在完工结算时一并扣除质保金，以简化流程、提高效率。
- 而另一些地区或行业则可能更倾向于单独出具相关手续进行扣除，以便更好地管理质保金、确保其专款专用。
法律视角下的考量：
- 从法律角度来看，质保金的扣除方式应遵循合同自由原则，即双方有权在合同中自由约定质保金的扣除方式。
- 同时，质保金的扣除也应符合相关法律法规的规定，比如不得违反《民法典》中关于合同效力、履行等的相关规定。
实际操作建议：
- 对于发包方而言，应在合同中明确约定质保金的扣除方式，并在施工过程中加强监管，确保质保金能够按照约定方式及时、足额扣除。
- 对于承包方而言，应仔细阅读合同条款，了解质保金的扣除方式，并在施工过程中积极配合发包方的工作，确保质保金能够顺利扣除。
举例说明：
- 假设某建设工程合同中约定，质保金为工程总造价的5%，在完工结算时一并扣除。那么，在工程完工后，双方进行结算时，发包方会直接从应付给承包方的工程款中扣除5%作为质保金。
- 另一种情况是，合同中约定质保金单独出具保函进行扣除。那么，在工程开工前或施工过程中，承包方需要向发包方出具一份质保金保函，作为质保金的担保。在工程完工后，如果承包方履行了合同义务，发包方会按照约定释放保函或退还质保金。
特殊情况下的处理：
- 如果合同中没有明确约定质保金的扣除方式，或者约定不明确导致双方产生争议，那么双方可以协商解决。协商不成的，可以依据相关法律法规或行业惯例进行处理，或者通过诉讼、仲裁等法律途径解决争议。
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