关于工程质保金是按合同款还是结算款来计算的问题，这确实是一个涉及工程款项管理的重要环节。以下是我为您提供的详细解答：

一、工程质保金的计算基数

工程质保金的计算基数通常是工程结算价款，而非合同款。工程结算价款是工程竣工后，根据合同约定、实际完成情况及计价规范核算出的总造价，它包括了直接工程费、间接费、利润、税金等所有相关费用。因此，以工程结算价款作为质保金的计算基数，能够更准确地反映工程的实际成本和价值。

二、质保金与合同款的关系

虽然质保金的计算基数是工程结算价款，但质保金本身实际上是合同款项（特别是工程款）的一部分。在合同签订时，双方会约定从应付的工程款中预留一定比例的资金作为质保金，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。因此，质保金是合同款项的一种特定形式，具有质量担保的功能。

三、质保金的计算比例与金额

质保金的预留比例由发承包双方在合同中约定，但不得超过工程价款结算总额的3%。实际操作中，常见比例为3%或5%，具体根据工程性质、规模及风险程度协商确定。质保金的金额可以通过以下公式计算：

质保金金额 = 工程结算价款 × 质保金预留比例

例如，如果工程结算价款为1000万元，预留比例为5%，则质保金金额为50万元。

四、质保金的管理与返还

质保金的管理和返还需严格遵循合同约定及相关法律法规。在缺陷责任期内，如果承包人履行了合同责任，没有出现质量问题或问题已修复，那么承包人可以向发包人申请返还质保金。发包人应在接到申请后14天内核实，如无异议，应在核实后14天内返还质保金。如果逾期支付，发包人需要按同期银行贷款利率计息，并承担违约责任。

五、建议与实践

1. 在签订施工合同时，双方应明确质保金的计算基数、预留比例、返还条件及期限等关键条款，以避免后续纠纷。
2. 承包方应确保工程质量，及时修复出现的问题，以保障质保金的顺利返还。
3. 发包方则应遵守法律法规，按时足额返还质保金，维护良好的合作关系。

综上所述，工程质保金是按工程结算价款来计算的，它是合同款项的一部分，具有特定的质量担保功能。在管理和返还质保金时，双方应严格遵循合同约定及相关法律法规，以确保工程的顺利进行和双方权益的有效保障。