质保金的扣除通常是基于结算金额，而不是合同金额。具体来说，项目工程质保金是按项目工程价款结算总额乘以合同约定的比例（一般为3%）由建设单位（业主）从施工企业工程计量拨款中直接扣留的。这一规定主要是为了确保在质保期内，如果施工单位未能履行对所建工程的维修义务，建设单位有权使用这部分质保金来进行维修，保障工程的质量和使用安全。

在实际操作中，合同金额和结算金额可能会存在差异。合同金额是双方在签订合同时约定的预估金额，而结算金额则是工程实际完成后的最终金额。因此，质保金的扣除以结算金额为基础，能够更准确地反映工程的实际造价和需要承担的质量保证责任。

此外，值得注意的是，质保金的扣留一般不计算利息，这是为了平衡建设单位和施工企业的利益，确保双方在质保期内的权益得到保障。同时，根据《建设工程质量管理条例》的规定，建设工程承包单位在向建设单位提交工程竣工验收报告时，应当向建设单位出具质量保修书，明确建设工程的保修范围、保修期限和保修责任等，这也是质保金制度的重要组成部分。

综上所述，质保金的扣除是基于结算金额来进行的，这一规定有助于保障工程的质量和双方当事人的权益。