关于质保金是按计量金额扣还是按合同金额扣的问题，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确质保金的基本概念。质保金，在建设工程承包合同中，通常包括质量保修金和质量保证金两种形式。质量保修金是由合同双方约定从应付合同价款中预留的，用于在标的物出现质量问题时支付修理费用的资金；而质量保证金则是施工单位根据建设单位的要求，在建设工程承包合同签订之前预先交付给建设单位的，用以保证施工质量的资金。
接下来，我们分析质保金的扣除方式：
按合同金额扣：
- 在多数情况下，质保金是按照合同金额的一定比例（一般为3%）来预留的。这是合同双方在签订合同时就明确约定的，作为对工程质量的一种保证。
- 根据《建设工程质量管理条例》及相关规定，项目工程质保金通常按项目工程价款结算总额乘以合同约定的比例由建设单位从施工企业工程计量拨款中直接扣留。
按计量金额扣：
- 虽然直接按计量金额扣质保金的情况相对较少，但在某些特定情境下，如工程进度款支付时，可能会根据已完成的工程量（即计量金额）来按比例扣除质保金。
- 然而，这种扣除方式通常也是在合同中有明确约定的情况下才会采用。
综合判断：
- 在实际操作中，质保金的扣除方式主要取决于合同中的具体约定。如果合同中明确规定了按合同金额的一定比例扣除质保金，那么就应当按照合同约定执行。
- 如果合同中没有明确规定，或者规定存在模糊之处，那么双方应当协商确定扣除方式，或者参考相关法律法规和行业惯例进行判断。
建议：
- 在签订合同时，双方应当明确约定质保金的扣除方式、比例、返还期限及方式等关键条款，以避免后续产生纠纷。
- 如果在合同履行过程中遇到质保金扣除问题，双方应当首先查阅合同条款，如果合同条款不明确或者存在争议，可以寻求法律援助或者咨询专业机构进行解决。
综上所述，质保金是按计量金额扣还是按合同金额扣，主要取决于合同中的具体约定。在签订合同时，双方应当明确约定相关条款，以避免后续产生不必要的纠纷。