在存在罚款的情况下，结算时质保金的计算需根据合同约定及法律规定综合判断，核心结论如下：

1. 合同有明确约定时，优先按合同条款执行
   若合同中已约定“罚款与质保金抵扣规则”（例如：罚款可直接从质保金中扣除，或需先支付罚款后再退还剩余质保金），则双方应按合同履行。

   • 示例：合同约定“若乙方违约需支付合同总价5%的违约金，该违约金可从质保金中扣除”，则结算时需先扣除违约金，再退还剩余质保金。
     
   • 注意：若合同约定的罚款比例过高（如超过实际损失的30%），可能被法院认定为“违约金过高”，需调整至合理范围。

2. 合同无约定时，需区分罚款性质并依法处理

   • 若罚款属于“违约金”：根据《民法典》第585条，违约金需以实际损失为基础，过高或过低均可请求法院调整。结算时，若罚款金额合理，可直接从质保金中扣除；若不合理，需通过协商或诉讼调整。
     
   • 若罚款属于“行政处罚”（如税务罚款、环保罚款）：行政处罚与质保金无关，不能直接从质保金中扣除。承包方需另行支付罚款，质保金按合同约定退还。
     
   • 若罚款属于“质量赔偿”（如因质量问题导致发包方损失）：发包方需证明损失与质量问题的因果关系，且赔偿金额需合理。结算时，可从质保金中扣除实际损失部分，但需保留必要证据（如检测报告、维修费用清单）。

3. 质保金退还的底线：不得低于法定最低标准
   根据《建设工程质量保证金管理办法》，质保金比例不得高于工程价款结算总额的3%（部分地区可能调整）。即使存在罚款，退还的质保金也不得低于法定最低比例。

   • 示例：工程结算价100万元，质保金3万元。若罚款4万元，发包方只能从质保金中扣除3万元，剩余1万元需通过其他方式追偿。

建议行动：

• 核对合同条款，明确罚款与质保金的抵扣规则；
  
• 保留罚款相关的证据（如违约通知、损失证明）；
  
• 若协商无果，可依据《民法典》第585条申请法院调整违约金。
  

如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我说明，我会为您详细分析。