核心结论：是否在结算时先扣罚款再算质保金，需根据合同约定和具体交易场景判断，常见处理方式有以下两种：

1. 合同明确约定“先扣罚款后算质保金”

若合同中明确写明“结算时，甲方有权从应付工程款/货款中先扣除罚款，剩余款项再按比例预留质保金”，则需按合同执行。
法律依据：根据《民法典》第509条，当事人应按约定全面履行义务。合同条款是双方真实意思表示，具有法律约束力。
实务场景：例如，施工合同中约定“因乙方延误工期，甲方可扣除合同价款5%的违约金，剩余款项的3%作为质保金”，此时需先扣罚款，再算质保金。

2. 合同未明确约定，或约定“罚款与质保金独立计算”

若合同未明确扣除顺序，或约定“罚款与质保金分别计算，互不影响”，则罚款和质保金可能并行扣除。
法律依据：根据《民法典》第510条，合同未约定或约定不明时，可协议补充；无法补充的，按交易习惯或行业惯例处理。
实务场景：例如，买卖合同中约定“买方有权从货款中扣除质量不合格的违约金，同时按货款5%预留质保金”，此时罚款和质保金可能分别从货款中扣除，互不干扰。

关键提醒

• 合同审查是核心：无论哪种情况，合同条款是判断依据。若合同未明确，建议双方协商补充协议，避免纠纷。
  
• 行业惯例参考：部分行业（如建筑、采购）可能有默认规则，但需以书面合同为准。
  
• 争议解决：若双方对扣除顺序有争议，可通过协商、调解或诉讼解决，法院会结合合同、交易习惯及公平原则裁决。

建议：若您遇到具体合同纠纷，可直接提供合同条款或交易细节，我会进一步分析法律风险及应对方案。