罚款一般不应计入质保金，但具体是否计入需结合合同约定、罚款性质及法律规定综合判断，以下是详细分析：

1. 从合同约定角度分析
   质保金的性质是发包方为确保承包方履行质量保修义务而预留的款项，其用途具有特定性（仅用于修复质量缺陷）。若合同中明确约定“罚款可从质保金中扣除”，且该条款不违反法律强制性规定（如未显失公平、未排除承包方主要权利），则发包方有权按约定操作。但需注意：

   • 罚款条款需明确具体（如罚款事由、计算方式），否则可能因约定不明被认定无效；
     
   • 若合同未约定罚款与质保金的关联性，发包方单方主张扣除可能缺乏依据。

2. 从罚款性质角度分析

   • 行政罚款：若因承包方违反行政法规（如环保、安全规定）被行政部门处罚，此类罚款属于行政责任，与民事合同中的质保金无直接关联，不应计入。
     
   • 违约金：若因承包方违约（如工期延误、质量不达标）需支付违约金，需区分违约金与质保金的功能：违约金是补偿损失，质保金是担保质量修复。若合同未明确约定违约金可从质保金扣除，发包方需另行主张违约金，而非直接扣减质保金。
     
   • 赔偿金：若因承包方原因导致发包方实际损失（如第三方索赔），发包方可要求赔偿，但需证明损失与承包方行为的因果关系，且赔偿金额不应超出质保金范围（若合同无特别约定）。

3. 从法律规定角度分析
   根据《民法典》第五百八十五条，违约金过高或过低的，法院或仲裁机构可予以调整。若发包方主张的“罚款”实际为违约金，且金额显著高于实际损失，承包方可请求调减。此外，若质保金被扣减后不足以覆盖质量修复费用，发包方仍有权要求承包方补足。

实务建议：

• 对发包方：在合同中明确约定罚款与质保金的关联条款（如“因质量违约产生的罚款，发包方有权直接从质保金中扣除”），并保留相关证据（如违约通知、损失证明）；
  
• 对承包方：若认为罚款扣除不合理，可核查合同条款、罚款依据及计算方式，必要时通过协商或诉讼主张权益。
  

如有具体合同条款或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。