工程完工质保金是否要一起开票需分情况讨论：

1. 若质保金性质为工程款的一部分：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。
   • 若质保金属于工程款中尚未支付的部分，且双方约定在工程完工时一并结算，则收款方（施工单位）应就全部工程款（含质保金）向付款方（建设单位）开具发票。
   • 例如：工程总价100万元，合同约定质保金5%（5万元）在完工后1年支付。若完工时双方同意一次性结算，则施工单位需开具100万元发票。

2. 若质保金性质为质量保证金：

   • 若质保金是作为工程质量保证的押金，且合同明确约定质保金在质保期满后支付（如完工后2年），则质保金部分在完工时无需立即开票。
   • 此时，施工单位可先就已收到的工程款（扣除质保金部分）开具发票，质保金部分待实际支付时再开具发票。
   • 例如：工程总价100万元，合同约定质保金5%（5万元）在质保期满后支付。完工时施工单位已收到95万元，则仅需就95万元开具发票，5万元质保金在2年后支付时再开票。

3. 税务合规建议：

   • 无论是否一起开票，双方均需在合同中明确约定质保金的性质、支付时间及开票方式，以避免税务争议。
   • 若质保金部分在完工时未开票，施工单位需注意税务申报时按实际收款确认收入，避免少报或漏报税款。
   • 建设单位在支付质保金时，应要求施工单位提供合法有效的发票，以确保税前扣除的合规性。

总结：工程完工质保金是否要一起开票，需根据合同约定及质保金的性质判断。若为工程款的一部分且约定一次性结算，则需一起开票；若为质量保证金且约定分期支付，则无需立即开票。建议双方在合同中明确约定，并遵循税务合规要求。如有进一步疑问，可直接向我咨询。