结论前置：合同中约定了质保金的情况下，发票的开具需根据质保金的性质及合同约定来处理，具体分为以下两种情况：

1. 质保金作为合同价款的一部分，但付款时间延后
   若合同明确约定质保金为合同总价款的一部分，仅因质量保证期而延后支付（例如合同总价100万元，其中5万元作为质保金，在质保期满后支付），则发票开具应遵循以下原则：

   • 全额开具发票：卖方应在合同约定的付款节点（如交付货物或完成服务时）按合同总价款全额开具发票，包括质保金部分。例如，合同总价100万元，卖方应一次性开具100万元的发票，无需因质保金未支付而分开开具。
     
   • 法律依据：根据《增值税暂行条例》第十九条及《发票管理办法》第十九条，销售方应在收讫销售款项或取得索取销售款项凭据的当天开具发票。合同约定的总价款已明确包含质保金，因此卖方有义务全额开票。
     
   • 风险提示：若卖方仅开具扣除质保金后的金额（如95万元），可能被税务机关认定为“未按规定开具发票”，面临补税、罚款等风险。

2. 质保金作为独立担保条款，与合同价款分离
   若合同约定质保金为独立担保（例如买方预留5万元作为质量保证金，若质保期内无质量问题则退还，否则用于赔偿），则发票开具需区分以下情形：

   • 质保金未实际支付时：卖方仍应按合同实际已履行的部分（如货物交付或服务完成）开具发票，质保金部分无需单独开票。例如，合同总价100万元，买方预留5万元质保金，卖方应开具95万元的发票，剩余5万元在质保期满后根据结果处理（退还或抵扣赔偿）。
     
   • 质保金转为赔偿时：若质保期内因质量问题需从质保金中扣款，卖方应就实际扣款部分开具红字发票（冲减收入）或按赔偿金额开具发票（如买方要求）。例如，质保期内因维修支出3万元，卖方需就3万元开具红字发票，剩余2万元质保金退还时无需开票。
     
   • 法律依据：根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》，发生销售退回或开票有误时，需开具红字发票。质保金扣款属于合同履行中的价款调整，应按此规定处理。

实务建议：

• 合同中应明确约定发票开具方式（如全额开具或分阶段开具），避免歧义。
  
• 卖方需保留合同、验收单、质保金支付/退还凭证等证据，以备税务检查。
  
• 若涉及跨期发票开具（如质保期跨越纳税年度），建议提前与税务机关沟通，确保合规。
  

如有具体合同条款或操作疑问，可直接向我提供细节，我将进一步分析。