结论：公司搬迁至25公里以外导致通勤时间增加至40分钟，是否可以申请劳动仲裁，取决于多种因素，包括劳动合同的约定、公司搬迁的合理性以及是否给员工造成了实质性的困难等。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同的约定
合同中有明确约定工作地点：
- 如果劳动合同中明确约定了工作地点，且公司搬迁后的地点与合同约定不符，那么员工有权拒绝前往新地点工作，并可以与公司协商解除劳动合同或要求公司支付经济补偿。
- 在此情况下，如果公司坚持要求员工前往新地点工作，员工可以申请劳动仲裁，要求确认公司行为违法，并寻求相应的法律救济。
合同中未明确约定工作地点或约定模糊：
- 如果劳动合同中未明确约定工作地点或约定较为模糊，那么公司搬迁可能不构成违约。但员工仍可以基于公司搬迁给自己带来的实质性困难（如通勤时间过长、生活成本增加等）与公司进行协商。
- 如果协商无果，员工也可以考虑申请劳动仲裁，但此时需要提供充分证据证明公司搬迁给自己造成了实质性困难，且这种困难是合理且无法克服的。
二、公司搬迁的合理性
公司因经营需要搬迁：
- 如果公司因经营需要（如扩大生产规模、优化资源配置等）进行搬迁，且搬迁决定合理合法，那么员工应理解并配合公司的决定。
- 但公司也应考虑员工的实际情况，如提供交通补贴、调整工作时间等措施，以减轻员工的负担。如果公司未采取任何措施，导致员工通勤时间过长，员工可以与公司协商或申请劳动仲裁。
公司恶意搬迁以逼迫员工离职：
- 如果公司恶意搬迁，如将工作地点迁至偏远地区，以逼迫员工主动离职，从而避免支付经济补偿，那么这种行为可能构成违法。
- 在此情况下，员工可以申请劳动仲裁，要求确认公司行为违法，并要求公司支付经济补偿或赔偿金。
三、员工面临的实质性困难
通勤时间过长：
- 如果公司搬迁导致员工通勤时间过长，如每天需要花费数小时在通勤上，这可能对员工的生活和工作产生严重影响。
- 员工可以与公司协商调整工作时间、提供交通补贴或远程办公等措施。如果协商无果，员工可以考虑申请劳动仲裁。
生活成本增加：
- 公司搬迁可能导致员工生活成本增加，如住房租金上涨、餐饮费用增加等。
- 员工可以与公司协商提高工资或提供其他形式的补偿。如果公司拒绝协商或补偿不足，员工也可以考虑申请劳动仲裁。
四、法律建议
与公司协商：
- 在申请劳动仲裁前，建议员工先与公司进行协商，尝试通过友好方式解决问题。
收集证据：
- 如果协商无果，员工应收集相关证据（如劳动合同、公司搬迁通知、通勤时间证明、生活成本增加证明等），以支持自己的主张。
申请劳动仲裁：
- 在准备好相关证据后，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求确认公司行为违法或寻求相应的法律救济。
总结：公司搬迁至25公里以外导致通勤时间增加至40分钟，员工是否可以申请劳动仲裁取决于多种因素。建议员工先与公司进行协商，并收集相关证据以支持自己的主张。如果协商无果且证据充分，员工可以考虑申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。