结论：员工以加班超时为由解除劳动关系，公司是否需要赔偿，取决于公司是否存在违法加班的情形以及员工解除劳动关系的具体方式。
分析如下：
公司存在违法加班情形：
- 根据《劳动法》及相关规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 如果公司违反上述规定，安排员工加班超时，且未支付相应的加班费或未安排补休，那么员工有权以此为由解除劳动关系，并要求公司支付经济补偿。
- 经济补偿的计算方式通常为：按照员工在公司的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
公司不存在违法加班情形或员工解除方式不当：
- 如果公司虽然安排了加班，但并未超过法定时限，或者已经支付了加班费、安排了补休，那么员工以加班超时为由解除劳动关系可能不构成合法解除，此时公司可能无需支付经济补偿。
- 另外，如果员工在解除劳动关系时，未按照法定程序进行，比如未提前通知公司或未说明解除理由等，也可能影响其获得经济补偿的权利。
建议：
- 对于公司：应严格遵守劳动法律法规，合理安排员工的工作时间，避免违法加班。如果确实需要加班，应与员工协商一致，并支付相应的加班费或安排补休。
- 对于员工：在解除劳动关系前，应仔细了解相关法律法规和公司规章制度，确保自己的解除行为合法有效。如果公司存在违法加班等情形，可以收集相关证据，如加班记录、工资条等，以便在需要时维护自己的合法权益。
后续行动：
- 如果员工已经以加班超时为由解除了劳动关系，并认为公司应支付经济补偿，但公司拒绝支付，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付相应的经济补偿。
- 在仲裁过程中，员工需要提供充分的证据证明公司存在违法加班的情形以及自己解除劳动关系的合法性。
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