结论：员工自离造成店铺的损失，其承担方式需根据具体情况来判断，一般可能由员工承担、店铺自行承担或双方根据过错程度分担。
分析说明：
员工承担的情况：
- 如果员工自离时存在故意或重大过失，且该行为直接导致了店铺的损失，那么根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，员工应当承担相应的赔偿责任。例如，员工在离职前故意损坏店铺财物或泄露商业秘密，给店铺造成经济损失的，店铺有权要求员工赔偿。
店铺自行承担的情况：
- 如果员工自离是出于正当原因，如店铺存在违法行为、未按时支付工资等，且自离行为并未直接导致店铺的损失，或者店铺无法证明损失是由员工自离行为直接造成的，那么店铺通常需要自行承担损失。在这种情况下，店铺应当反思自身管理或经营中存在的问题，并采取措施加以改进，以避免类似情况再次发生。
双方分担的情况：
- 在某些情况下，员工自离和店铺损失之间可能存在一定的因果关系，但并非完全由员工或店铺一方造成。例如，员工因个人原因突然离职，导致店铺在短期内无法找到合适的替代人员，从而影响了店铺的正常运营和收益。在这种情况下，双方可以根据各自的过错程度来分担损失。店铺可以要求员工承担一部分因离职造成的直接经济损失，如招聘和培训新员工的费用等；同时，店铺也需要承担一部分因管理不善或经营策略不当导致的间接经济损失。
特别提醒：
- 店铺在处理员工自离问题时，应当遵循合法、公正、合理的原则，避免采取过激或违法的行为。例如，店铺不得扣押员工工资、证件或物品等作为赔偿的抵押物；也不得对员工进行辱骂、殴打或威胁等违法行为。
- 如果店铺和员工之间就损失承担问题存在争议，双方可以通过协商、调解或诉讼等途径来解决。在协商和调解过程中，双方可以寻求第三方机构或专业人士的帮助，以达成公平合理的解决方案。如果协商和调解无果，双方可以向人民法院提起诉讼，由法院根据事实和法律规定来判决损失的承担方式。
后续行动建议：
- 店铺应当加强员工管理和培训，提高员工的法律意识和职业素养，减少员工自离等突发事件的发生。
- 店铺可以制定完善的员工离职制度和应急预案，明确员工离职的程序和责任划分，以及店铺在员工离职后的应对措施和损失承担方式。
- 如果店铺遇到员工自离造成损失的情况，建议及时咨询专业律师或法律机构，以便更好地维护自身的合法权益。
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