结论：公司扣工资的行为是否合法，需根据具体情况判断。若员工因上班期间交通肇事且负主责导致死亡一人，但该行为与工作职责无直接关联，且未给公司造成直接经济损失，公司一般无权扣工资；若员工行为给公司造成直接经济损失，公司可依据内部规章制度和法律规定，在合理范围内扣除工资。

分析如下：

1. 交通肇事与工作职责的关联性：

   • 若员工在上班期间发生的交通肇事行为，与其工作职责无直接关联（例如，员工在上班途中自行驾车发生事故，而非执行工作任务时），则该行为通常被视为个人行为。在此情况下，公司一般无权因员工的个人行为而扣除其工资。

2. 公司规章制度与法律规定：

   • 公司若欲扣除员工工资，需依据内部合法的规章制度进行。这些规章制度应明确规定在何种情况下可以扣除工资，以及扣除的具体比例和限额。同时，这些规定不得违反国家法律法规的强制性规定。
   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”因此，若员工的行为确实给公司造成了直接经济损失，公司有权在合理范围内扣除其工资，但扣除比例和限额需遵守上述规定。

3. 工伤认定与赔偿：

   • 需要注意的是，若员工在上班期间因工作原因受到事故伤害，应被认定为工伤。但在此案例中，员工是交通肇事的主责方，且导致他人死亡，这通常不会被认定为工伤（除非员工是在执行工作任务时发生事故，且符合工伤认定的其他条件）。然而，这一认定与工资扣除问题无直接关联，但可能影响员工对公司可能提出的赔偿请求的应对。
   • 若员工被认定为工伤，其应享受工伤保险待遇，包括医疗费用、伤残津贴等。但这与工资扣除是两个独立的问题。

4. 建议行动：

   • 员工方面：若认为公司扣除工资的行为不合理或违法，可与公司沟通协商，要求公司出示相关规章制度和法律依据。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 公司方面：在扣除员工工资前，应确保有合法的规章制度作为依据，并确保扣除行为符合法律法规的强制性规定。同时，应与员工进行充分沟通，解释扣除工资的原因和依据，以避免不必要的纠纷。

后续思考依据：

• 在处理此类问题时，需综合考虑员工的个人行为与工作职责的关联性、公司规章制度的合法性、国家法律法规的强制性规定以及工伤认定的相关因素。
• 若有进一步疑问或需要更具体的法律建议，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的解答。