作为被挂靠的公司，在挂靠人起诉索要合同款的情况下，你需要注意以下几个关键问题：

1. 合同关系的真实性及效力：

   • 核实合同：首先，要仔细审查与挂靠人签订的合同，确认合同的真实性、合法性以及是否双方真实意思表示。如果合同存在瑕疵，如伪造、胁迫等情形，可能影响合同的效力。
   • 合同条款：详细分析合同条款，特别是关于付款条件、付款方式、违约责任等关键条款，以确定是否满足付款条件，以及挂靠人是否已履行其合同义务。

2. 挂靠关系的合法性：

   • 挂靠合规性：挂靠行为在某些领域可能是违法的，如建筑行业。如果挂靠行为本身违法，那么基于该挂靠关系签订的合同可能被视为无效合同，从而影响款项的支付。
   • 法律后果：如果挂靠关系违法，被挂靠公司可能面临行政处罚，甚至刑事责任，同时，合同款项的支付也可能因此受到影响。

3. 证据收集与准备：

   • 交易记录：收集与挂靠人之间的所有交易记录，包括合同、发票、付款凭证等，以证明双方之间的交易情况。
   • 沟通记录：保留与挂靠人之间的所有沟通记录，如邮件、短信、微信等，以证明双方在合同履行过程中的协商和沟通情况。
   • 证人证言：如果可能，寻找了解情况的第三方作为证人，以证明合同履行过程中的相关事实。

4. 抗辩理由的准备：

   • 付款条件未成就：如果合同中规定了特定的付款条件，如工程验收合格、货物交付等，且这些条件尚未成就，那么被挂靠公司可以以此为由拒绝付款。
   • 挂靠人违约：如果挂靠人在合同履行过程中存在违约行为，如未按时交付货物、未达到质量标准等，被挂靠公司可以要求挂靠人承担违约责任，并据此拒绝或减少付款。
   • 合同无效或可撤销：如果合同存在无效或可撤销的情形，如欺诈、胁迫等，被挂靠公司可以主张合同无效或可撤销，并据此拒绝付款。

5. 法律程序与策略：

   • 及时应诉：在收到法院传票后，要及时应诉，避免因未按时应诉而导致的法律后果。
   • 法律策略：根据案件具体情况，制定合适的法律策略，如提出反诉、申请鉴定等，以维护自身合法权益。
   • 和解与调解：在诉讼过程中，可以考虑与挂靠人进行和解或调解，以达成双方都能接受的解决方案，减少诉讼成本和时间。

6. 后续风险防范：

   • 完善合同管理：加强合同管理，确保合同条款的明确性和合法性，避免类似纠纷的再次发生。
   • 加强风险防控：建立健全风险防控机制，对挂靠行为进行严格监管，确保挂靠行为的合法性和合规性。

在处理此类纠纷时，被挂靠公司应保持冷静、理性，积极收集证据，准备抗辩理由，并制定合适的法律策略。 如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。