结论：根据您描述的情况，如果离职协议中明确约定了您是主动离职，且该协议是双方真实意思表示，没有欺诈、胁迫等情形，那么一般会被认定为是主动离职。但具体还需结合离职协议的内容和实际情况来判断。

分析说明：

1. 离职协议的法律效力：

   • 离职协议是劳动者与用人单位就离职相关事宜达成的书面协议，具有法律效力。
   • 如果离职协议中明确约定了离职的性质（如主动离职、协商解除劳动合同等），且该协议是双方真实意思表示，没有违反法律法规的强制性规定，那么该协议对双方均具有约束力。

2. 主动离职与自动离职的区别：

   • 主动离职：通常指劳动者因个人原因（如找到新工作、家庭原因等）主动向用人单位提出离职申请，并经过用人单位同意后离职。
   • 自动离职：则可能指劳动者未经用人单位同意，擅自离职或长期旷工等情形，用人单位可能据此解除劳动合同并无需支付经济补偿。

3. 您的情况分析：

   • 您提到“个人申请离辞交单位”，这表明您有主动离职的意愿。
   • 单位批示“自动离职”并办理了离职协议，这里的关键在于离职协议的内容。如果离职协议中明确约定了您是主动离职，且该协议是双方协商一致后签订的，那么即使单位最初批示为“自动离职”，也应以离职协议中的约定为准。
   • 如果离职协议中没有明确约定离职性质，或者存在欺诈、胁迫等情形，导致您对离职性质的理解与实际情况不符，那么您可能需要通过法律途径来维护自己的权益。

法律建议：

1. 审查离职协议：

   • 仔细审查离职协议的内容，特别是关于离职性质的约定。
   • 如果离职协议中明确约定了您是主动离职，且您对此没有异议，那么可以认为您是主动离职。

2. 保留证据：

   • 保留好离职申请、离职协议等相关证据，以备不时之需。
   • 如果离职协议中存在不明确或模糊的条款，或者您认为离职协议的签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，及时收集相关证据。

3. 咨询专业律师：

   • 如果您对离职性质或离职协议的内容有疑问，或者认为自己的权益受到了侵害，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和帮助。

后续行动指南：

• 如果您已经签订了离职协议，且对离职性质没有异议，那么可以按照离职协议的约定办理离职手续。
• 如果您对离职性质有异议，或者认为离职协议的签订过程中存在问题，及时与我联系，我会根据您的具体情况，指导您如何维护自己的权益。