实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，确实包含层层转包和借用资质的情形。以下从多个角度进行详细分析：
层层转包情形：
- 法律依据：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，实际施工人不仅可以直接起诉其直接的转包人或违法分包人，在存在多次转包或分包的复杂情况下，实际施工人的权益受到侵害时，也有权将发包人作为被告提起诉讼。法院会依法审查各环节的合同关系及工程款支付情况，确定发包人的责任范围。
- 实例说明：假设一个工程由总承包人承接后，经过多次转包，最终由实际施工人完成。若在此过程中，某一环节的转包人或违法分包人未支付工程款，实际施工人不仅可以直接起诉其直接的转包人或违法分包人，还可以在必要时将发包人作为被告，要求其承担相应的责任。
借用资质（挂靠）情形：
- 法律依据：实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与发包人签订合同，在工程款支付等问题产生纠纷时，同样有权以发包人为被告提起诉讼。这是因为，尽管合同形式上是由有资质的建筑施工企业与发包人签订，但实际施工人是工程的实际完成者，其权益应得到保护。
- 实例说明：如实际施工人张某借用甲建筑公司资质与发包人乙公司签订合同，工程竣工后乙公司拒付工程款。在此情况下，张某作为实际施工人，有权以乙公司为被告提起诉讼，要求其支付工程款。
法律后果与建议：
- 法律后果：在层层转包和借用资质的情形下，实际施工人起诉转包人、违法分包人或发包人，若法院认定其诉求合理，将判决相关责任方支付工程款或承担其他相应责任。这有助于保护实际施工人的合法权益，维护建筑市场的秩序。
- 建议：对于实际施工人而言，在签订合同时应尽可能明确合同条款，特别是关于工程款支付、违约责任等方面的约定。同时，在施工过程中应保留好相关证据材料，如施工记录、验收报告等，以便在发生纠纷时能够充分证明自己的权益。若遇到复杂情况或法律问题，建议及时向我咨询，以便得到更专业、更全面的法律帮助。
综上所述，实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，确实包含层层转包和借用资质的情形。在实际操作中，实际施工人应根据具体情况选择合适的诉讼策略，并保留好相关证据材料以支持自己的诉求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。