层层转包的实际施工人在特定条件下可以直接起诉发包人，但这一权利受到严格限制，并需依据相关法律法规及具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、直接合同关系下的起诉权利
- 存在直接合同关系：如果实际施工人与发包人之间签订了有效的建设工程施工合同，那么实际施工人当然可以基于合同条款直接起诉发包人，以维护自身合法权益。这是合同法基本原则的体现，即合同双方应遵守合同约定，履行各自义务。不过，在层层转包的情况下，实际施工人与发包人之间通常不存在直接合同关系，因此这一情形较为少见。
二、无直接合同关系下的特殊规定
法律依据：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条的规定，即使实际施工人与发包人之间没有直接的合同关系，但在一定条件下，实际施工人也可以直接向发包人主张权利。
具体条件分析：
- 无效合同关系：实际施工人通常是在转包、违法分包或挂靠等无效合同关系下进行工程建设的。这些违法行为破坏了建筑市场的正常秩序，法律因此赋予实际施工人在特定情况下直接起诉发包人的权利。
- 转包人或违法分包人怠于行使权利：当转包人或违法分包人不积极向发包人主张工程款，导致实际施工人的权益难以实现时，法律允许实际施工人绕过他们直接起诉发包人。这体现了法律对弱势群体权益的保护。
- 发包人欠付工程款：法院在受理此类案件时，会查明发包人是否欠付转包人或违法分包人建设工程价款以及具体的欠付数额。只有在发包人存在欠付的情况下，才会判决其在欠付范围内对实际施工人承担支付责任。
特殊限制：需要注意的是，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十四条的规定，突破合同相对性原则请求发包人在欠付工程款范围内承担责任的实际施工人不包含借用资质及多层转包和违法分包关系中的实际施工人。即，在多层转包的情况下，如果实际施工人并非直接与转包人或违法分包人签订合同，而是处于更下游的位置，那么其可能无法直接起诉发包人。
三、法律原则与实际应用
- 合同相对性原则：虽然合同法强调合同相对性，即合同权利义务仅在合同当事人之间产生效力，但在建设工程领域，为了保障实际施工人的合法权益和维护建筑市场秩序，法律在一定条件下突破了这一原则。
- 保护弱势群体与社会稳定：允许实际施工人在特定条件下直接起诉发包人，既体现了法律对弱势群体的关怀与保护，也有助于减少因工程款纠纷引发的社会问题，维护社会稳定。
四、实际建议
- 收集证据：实际施工人在考虑起诉发包人前，应充分收集证据，包括与转包人或违法分包人的合同、工程款支付记录、沟通记录等，以证明自己的合法权益和发包人的欠付事实。
- 咨询专业律师：由于建设工程领域的法律关系复杂，且涉及多层转包的情况更为复杂，因此实际施工人在起诉前应咨询专业律师，以评估自己的胜诉可能性和制定合适的诉讼策略。
总结来说，层层转包的实际施工人在特定条件下可以直接起诉发包人，但这一权利受到严格限制。实际施工人在考虑起诉前，应充分了解相关法律法规和自身情况，并咨询专业律师以制定合适的诉讼策略。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。