结论前置：保安长期12小时两班倒申请仲裁加班费，需先明确加班事实及用人单位是否已支付加班费，再根据法律规定计算应得加班费，最后通过劳动仲裁主张权益。具体分析如下：
一、明确加班事实及用人单位支付情况
加班事实的确认：
- 保安需提供证据证明其存在长期12小时两班倒的工作情况，如考勤记录、排班表、工作记录等。
- 这些证据应能清晰显示保安的工作时间、加班时长以及加班的频率。
用人单位支付情况的确认：
- 保安需查看自己的工资条或银行流水，确认用人单位是否已支付加班费。
- 若用人单位已支付加班费，但保安认为支付金额不足，也需提供相关证据进行证明。
二、计算应得加班费
加班费的计算标准：
- 根据《劳动法》第四十四条的规定，工作日加班的，用人单位应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 对于保安长期12小时两班倒的情况，若其中包含工作日、休息日或法定休假日的加班，应分别按照上述标准计算加班费。
具体计算方法：
- 假设保安的月工资为W元，日工资为W/21.75元（假设每月工作21.75天，为法定月计薪天数），小时工资为W/(21.75*8)元。
- 若保安在工作日加班了X小时，则应得加班费为X * [W/(21.75*8)] * 150%。
- 若保安在休息日加班了Y小时且不能安排补休，则应得加班费为Y * [W/(21.75*8)] * 200%。
- 若保安在法定休假日加班了Z小时，则应得加班费为Z * [W/(21.75*8)] * 300%。
- 保安应将自己实际的工作日、休息日和法定休假日加班时长代入上述公式，计算出应得的加班费总额。
三、通过劳动仲裁主张权益
准备仲裁材料：
- 保安需准备仲裁申请书、身份证明、证据材料（如考勤记录、工资条、银行流水等）以及用人单位的工商登记信息等。
提交仲裁申请：
- 保安应向用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的要求填写相关表格和提交材料。
参与仲裁程序：
- 保安需按照仲裁委员会的通知参与仲裁程序，包括开庭审理、调解等环节。
- 在仲裁过程中，保安应积极陈述自己的主张和提供证据，以维护自己的合法权益。
额外提醒：在申请仲裁前，建议保安先与用人单位进行协商，看是否能够达成和解并补发加班费。如果协商无果，再考虑通过劳动仲裁来主张自己的权益。同时，保安在申请仲裁时，也应注意仲裁时效的问题，一般应在知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起一年内提出仲裁申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。