结论：以违法降低员工社保、公积金缴费基数为由申请劳动仲裁，若能证明用人单位存在违法行为且符合法定情形，员工可以获得经济补偿。以下从不同角度展开分析：

1. 用人单位违法降低社保、公积金缴费基数的法律性质

根据《社会保险法》《住房公积金管理条例》及《劳动合同法》相关规定：

• 社保缴费基数：应以上一年度员工月平均工资为基准（需符合当地社平工资的60%-300%范围），用人单位不得擅自降低。
• 公积金缴费基数：同样以员工上一年度月平均工资为基准，单位和个人缴存比例需符合法定标准。
• 违法行为认定：若用人单位通过虚报工资、拆分工资结构等方式故意降低缴费基数，属于未依法足额缴纳社会保险费和住房公积金的违法行为。

2. 员工申请劳动仲裁的法律依据及经济补偿条件

根据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条：

• 法定情形：若用人单位存在“未依法为劳动者缴纳社会保险费”或“未及时足额支付劳动报酬（含公积金）”的行为，员工可依据第三十八条提出被迫解除劳动合同，并依据第四十六条主张经济补偿。
• 经济补偿标准：按员工在本单位工作年限，每满一年支付一个月工资（六个月以上不满一年按一年计算，不满六个月支付半个月工资）。

3. 关键证据与操作建议

• 证据收集：
  1. 劳动合同中关于社保、公积金缴纳的约定；
  2. 工资条、银行流水（证明实际工资与缴费基数不符）；
  3. 社保、公积金缴费记录（可通过当地人社局、公积金管理中心官网查询）；
  4. 用人单位降低缴费基数的书面通知或沟通记录（如有）。
• 操作步骤：
  1. 先向用人单位提出书面异议，要求补缴；
  2. 若用人单位拒绝，可向当地社保局、公积金管理中心投诉（行政途径）；
  3. 同时或后续申请劳动仲裁，主张被迫解除劳动合同及经济补偿。

4. 注意事项

• 程序优先性：部分地区要求员工必须先通过行政投诉途径要求补缴，才能以“未依法缴纳社保”为由解除合同并主张经济补偿（如北京、上海）。建议提前查询当地规定。
• 公积金的特殊性：公积金争议不属于劳动仲裁受案范围，需通过公积金管理中心投诉或法院诉讼解决，但可与社保问题一并主张经济补偿。
• 时效限制：劳动仲裁时效为一年，自员工知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

5. 例外情形

若用人单位因经营困难申请缓缴社保、公积金（需经社保局、公积金管理中心批准），且已告知员工并补缴的，不属于违法行为，员工无法据此主张经济补偿。

总结：若能证明用人单位存在故意违法降低社保、公积金缴费基数的行为，员工可通过劳动仲裁主张被迫解除劳动合同并获得经济补偿。建议优先收集证据、咨询当地政策，必要时委托律师协助处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。