结论：挂靠公司因交通事故停您的车并禁止您运输的行为是否合法，需根据具体情况判断，主要包括挂靠协议的约定、事故责任划分以及挂靠公司的行为是否合理合法等因素。以下是对此问题的详细分析：

1. 挂靠协议的约定：

   • 首先，您需要查看与挂靠公司签订的挂靠协议中是否有关于交通事故处理、车辆停运等方面的明确约定。如果协议中有明确规定，在发生交通事故后，挂靠公司有权按照协议约定采取相应措施，包括停运车辆，那么挂靠公司的行为可能是合法的。
   • 如果协议中没有相关约定，或者约定不明确，那么挂靠公司的行为可能缺乏合同依据，其合法性就需要进一步探讨。

2. 事故责任划分：

   • 交通事故的责任划分是影响挂靠公司行为合法性的重要因素。如果事故责任完全在您，且事故造成了严重后果，挂靠公司为了维护自身利益或遵守相关法律法规，可能会采取停运车辆等措施。
   • 如果事故责任不在您，或者责任划分不明确，挂靠公司单方面停运车辆的行为可能缺乏合理性，甚至可能构成违约或侵权。

3. 挂靠公司行为的合理性：

   • 即使挂靠公司有权按照协议或法律法规采取停运措施，其行为的合理性也是需要考虑的。例如，挂靠公司是否在合理时间内通知了您停运的原因和期限，是否提供了必要的协助和支持等。
   • 如果挂靠公司的行为过于苛刻或不合理，给您造成了不必要的损失，您有权要求挂靠公司承担相应的责任。

4. 可能的法律后果：

   • 如果挂靠公司的行为被认定为违法或违约，您可能有权要求挂靠公司恢复车辆运营、赔偿损失等。
   • 同时，您也需要考虑自身在事故中的责任，以及是否需要承担相应的法律后果。

建议：

• 首先，仔细审查与挂靠公司签订的挂靠协议，了解其中的相关条款和约定。
• 其次，与挂靠公司进行沟通，了解停运车辆的具体原因和期限，以及挂靠公司的具体要求和期望。
• 如果沟通无果或挂靠公司的行为明显不合理，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自身合法权益。

在处理此类问题时，请务必保持冷静和理性，通过合法途径解决纠纷。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。