物流公司停运挂靠车主的营运证是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合同关系角度

1. 若存在书面挂靠合同：

   • 合同有明确约定：如果挂靠合同中明确规定了物流公司在何种情况下有权停运营运证，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么物流公司按照合同约定停运营运证，一般不构成违法。例如，合同中约定车主若未按时缴纳挂靠费用，物流公司有权停运其营运证，此时物流公司停运行为具有合同依据。
   • 合同无明确约定或约定违法：如果挂靠合同中没有明确约定物流公司有权停运营运证，或者约定的停运条件违反法律法规的强制性规定（如以非法目的停运），那么物流公司停运营运证的行为可能构成违约或违法。车主有权要求物流公司继续履行合同或承担违约责任。

2. 若不存在书面挂靠合同：

   • 在没有书面合同的情况下，双方的权利义务关系可能依据口头约定或行业惯例来确定。如果物流公司停运营运证的行为违反了口头约定或行业惯例，且给车主造成了损失，车主有权要求物流公司承担赔偿责任。

二、法律法规角度

1. 营运证的性质：营运证是车辆从事道路运输经营活动的合法凭证，由交通运输主管部门颁发。物流公司作为营运证的管理者或挂靠方，无权随意停运或吊销营运证。
2. 停运营运证的合法性：除非法律法规明确规定物流公司在特定情况下有权停运营运证（如车主严重违反交通法规、车辆存在安全隐患等），否则物流公司停运营运证的行为可能构成违法。车主可以向交通运输主管部门投诉或寻求法律救济。

三、实际操作建议

1. 车主方面：

   • 审查挂靠合同：仔细审查挂靠合同中的条款，了解物流公司停运营运证的条件和程序。
   • 保留证据：保留与物流公司沟通、协商的记录，以及物流公司停运营运证的相关证据（如通知、短信、邮件等）。
   • 寻求法律救济：如果物流公司停运营运证的行为违法或违约，车主可以向交通运输主管部门投诉，或者向法院提起诉讼，要求物流公司承担违约责任或赔偿责任。

2. 物流公司方面：

   • 遵守合同约定：严格按照挂靠合同的约定行使权利，不得随意停运营运证。
   • 合法合规操作：在停运营运证前，确保符合法律法规的规定，避免违法操作给车主和自身带来不必要的法律风险。
   • 沟通协商：在停运营运证前，与车主进行充分沟通协商，尽量达成一致意见，减少纠纷的发生。

总结来说，物流公司停运挂靠车主的营运证是否违法，需根据挂靠合同的约定、法律法规的规定以及实际情况来判断。车主和物流公司都应遵守合同约定和法律法规，通过沟通协商解决纠纷，必要时寻求法律救济。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。