车辆挂靠公司通常没有权利私自注销营运证。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
营运证的性质与归属：营运证是车辆从事营运活动的合法凭证，其颁发对象是特定的车辆，而非挂靠公司。虽然车辆挂靠在某公司名下，但营运证所代表的营运资格是与车辆紧密相连的。因此，从法律上讲，营运证的注销应当基于车辆本身的营运状况或相关法律法规的规定，而非挂靠公司的单方面意愿。
挂靠协议的约定：车辆挂靠公司与车主之间通常会签订挂靠协议，明确双方的权利和义务。如果协议中没有明确约定挂靠公司有权私自注销营运证，那么挂靠公司就无权这样做。即使协议中有相关约定，也需要考虑该约定是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否损害了车主的合法权益。
行政许可的法定程序：营运证的注销属于行政许可的撤销或注销范畴，应当遵循法定的程序和条件。根据相关法律法规的规定，行政机关在注销营运证时，需要依法进行调查、取证、听证等程序，确保注销决定的合法性和合理性。挂靠公司作为民事主体，无权直接行使行政机关的职权，私自注销营运证。
实际操作角度
车主的权益保护：如果挂靠公司私自注销了营运证，车主的车辆将无法继续从事营运活动，这将直接损害车主的经济利益。车主有权要求挂靠公司恢复营运证或赔偿因此造成的损失。
行政机关的监管：行政机关对营运证的颁发和管理负有监管职责。如果挂靠公司私自注销了营运证，车主可以向行政机关投诉或举报，要求行政机关对挂靠公司的行为进行调查和处理。
法律责任与风险：挂靠公司私自注销营运证的行为可能构成违法或违约行为，需要承担相应的法律责任和风险。这包括但不限于赔偿车主的损失、接受行政机关的处罚等。
建议与措施
审查挂靠协议：车主在与挂靠公司签订挂靠协议时，应当仔细审查协议条款，确保协议中明确约定了双方的权利和义务，特别是关于营运证的管理和使用方面的条款。
保留相关证据：车主应当妥善保管与营运证相关的所有证据和文件，包括营运证的原件、复印件、挂靠协议等。这些证据和文件在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
及时寻求法律帮助：如果挂靠公司私自注销了营运证或存在其他违法行为，车主应当及时寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
作为王飞律师，我建议你如果遇到类似问题，首先与挂靠公司进行沟通协商，尝试通过友好方式解决问题。如果协商无果，你可以向我咨询具体的法律措施和维权途径。