车辆挂靠公司在特定情况下有权扣车，但这必须基于明确的合同约定或法定的留置权，并且遵循合法程序。在缺乏合同依据、法定事由或程序不合法的情况下，挂靠公司无权扣车。下面我将详细解释这一结论：
一、车辆挂靠公司的定义与性质
车辆挂靠经营是指个体运输业户或自然人依附于具有运输经营权资质的企业法人，以被挂靠者的名义从事经营活动，这种关系本质上是一种合同关系。
二、车辆挂靠公司有权利扣车的情况
基于合同约定：
- 如果挂靠协议中明确规定了公司在特定情况下（如未按时缴纳管理费、未按规定维护车辆等）有权扣车，且这些约定不违反法律法规，那么公司扣车是行使合同权利的行为。
- 扣车的目的应是为了保障公司的合法权益，不能是恶意或其他不正当目的。
合法留置：
- 如果挂靠人因车辆运营产生的费用（如修理费、保险费等）由公司垫付且未偿还，公司作为债权人可以依据《民法典》的相关规定留置车辆。
- 公司在实施留置前需给予挂靠人合理的催告期，并要求其履行债务。只有在催告期届满后挂靠人仍未履行的情况下，才可以进行留置。
三、车辆挂靠公司无权利扣车的情况
- 缺乏合同依据或法定事由：如果没有明确的合同约定或法定的留置等情形，挂靠公司擅自扣车将构成侵权。
- 扣车程序不合法：即使存在扣车的理由，如果公司没有遵循法定或约定的程序，扣车行为也是违法的。
- 超出合理限度：扣车后，如果公司对车辆进行不当使用、造成损坏或长期扣留不解决问题，这种行为同样是不合理和不合法的。
四、法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第一百三十二条规定，民事主体不得滥用民事权利损害他人合法权益。因此，车辆挂靠公司无权随意扣车。
- 同时，《民法典》第四百四十七条也规定了债权人的留置权，但这一权利的行使必须遵循法律规定的程序。
五、建议与提醒
- 如果你的车辆被挂靠公司非法扣押，应积极寻求法律帮助来维护自己的合法权益。
- 在与挂靠公司签订协议时，应仔细审查合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果双方在扣车问题上存在争议，应通过协商、调解或诉讼等方式解决。
综上所述，车辆挂靠公司在扣车问题上必须遵循法律规定和合同约定，不得滥用权利损害车主的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。