货运车辆挂靠运输公司营运，发生交通事故后，实际车主一般无权主张停运损失。以下从法律角度进行详细分析：

一、法律依据与司法实践

根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条的规定，因道路交通事故造成依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求赔偿的，人民法院应予支持。然而，这一规定的前提是车辆必须“依法”从事货物运输活动。

在货运车辆挂靠运输公司营运的情况下，实际车主往往并不具备申请货运经营许可的资格。根据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，自然人不具有申请货运经营许可的资格，货运经营许可不得转让、出租。因此，实际车主通过挂靠方式从事货物运输的行为，明显不符合上述规定，不具有合法性。相应的，其主张的停运损失也不具有合法性，不符合上述司法解释对于停运损失的规定。

二、实际案例分析

在实际案例中，法院也普遍持此观点。例如，有案例中原告将涉案货车挂靠在某物流公司名下从事道路运输，与转让、出租许可证行为的本质相同，都存在实际运营人与经行政主管部门审核具备资质主体相分离的情形。该做法规避了道路运输经营许可制度，不属于依法经营的范畴。因此，法院认为原告无权主张涉案车辆的营运损失，并驳回了原告的诉讼请求。

三、特殊情况说明

当然，也存在一些特殊情况。如果挂靠协议中明确约定了停运损失的承担方式，或者实际车主能够证明其挂靠行为并未规避道路运输经营许可制度（尽管这种情况较为罕见），那么实际车主可能有机会主张停运损失。但在大多数情况下，由于挂靠行为本身的不合法性，实际车主的主张很难得到法院的支持。

四、建议与风险提示

1. 合法经营：对于货运车辆的实际车主而言，应当遵守相关法律法规，通过合法途径取得货运经营许可，避免通过挂靠等不合法方式从事货物运输活动。
2. 风险防范：在发生交通事故后，实际车主应当及时了解相关法律法规和司法实践，理性评估自身主张停运损失的可能性，避免盲目诉讼导致不必要的损失。
3. 法律咨询：如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。

综上所述，货运车辆挂靠运输公司营运发生交通事故后，实际车主一般无权主张停运损失。这主要是基于挂靠行为本身的不合法性以及相关法律法规和司法实践的规定。