在探讨挂靠关系能否主张停运损失这一问题时，我们首先要明确的是，停运损失的性质及其法律保护的前提，同时结合挂靠关系的法律特性来进行分析。
一、停运损失的性质
停运损失，通常指的是因交通事故导致受害人无法正常使用其经营性车辆，从而丧失的可预期利益。这种损失属于间接性财产损失，与直接的车辆维修费用等有所不同。根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条的规定，依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，是受法律保护的。
二、法律保护的前提
然而，要获得停运损失的法律保护，必须满足一个前提条件，即车辆必须是依法从事经营性活动的。这意味着车辆必须具备相应的道路运输经营资质，且经营行为必须符合法律法规的规定。对于挂靠关系而言，如果挂靠车辆并未以合法方式获得道路运输经营资质，或者挂靠行为本身违反了法律法规的规定，那么由此产生的停运损失可能无法得到法律的保护。
三、挂靠关系的法律特性
在挂靠关系中，实际车主将车辆挂靠在有资质的运输公司名下，以该公司的名义从事道路运输经营活动。然而，这种挂靠行为并不总是合法的。如果挂靠行为违反了《道路运输条例》等法律法规的规定，比如未取得道路运输经营许可而擅自从事道路运输经营，那么这种挂靠行为就是无效的，且可能面临行政处罚。在这种情况下，挂靠车辆因交通事故产生的停运损失，由于不属于依法营运的范畴，因此可能无法得到法院的支持。
四、具体案例分析
以您提供的两个案例为例：
在第一个案例中，袁某的车辆挂靠在B公司名下，且车辆在保险公司投保了交强险及商业三者险。事故发生后，法院根据证据和法律规定，判决袁某赔偿A运输公司的停运损失，B公司承担连带赔偿责任，而保险公司不承担责任。这个案例说明，在挂靠关系合法且车辆依法经营的情况下，停运损失是可以得到法律保护的。
在第二个案例中，张某以挂靠某运输公司的方式从事道路运输经营活动，但因其未依法取得道路运输经营资质，法院最终驳回了其主张的停运损失。这个案例则表明，如果挂靠行为违反了法律法规的规定，那么由此产生的停运损失可能无法得到法律的保护。
五、结论
综上所述，挂靠关系能否主张停运损失，取决于挂靠车辆是否依法从事经营性活动以及挂靠行为是否合法。如果挂靠车辆具备合法的道路运输经营资质，且挂靠行为符合法律法规的规定，那么因交通事故产生的合理停运损失是可以得到法律保护的。反之，如果挂靠行为违反了法律法规的规定，或者车辆未依法取得道路运输经营资质，那么由此产生的停运损失可能无法得到法律的支持。因此，在主张停运损失时，必须确保挂靠关系的合法性和车辆经营的合规性。