个人车辆挂靠物流公司发生交通事故时，车主通常可以主张停运损失，但具体能否获得赔偿需根据事故责任、保险情况及挂靠协议内容综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、停运损失的法律依据与赔偿原则
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条，因道路交通事故造成依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。
赔偿原则：
- 停运损失属于因交通事故导致的直接财产损失，侵权人（即造成事故的责任方）应承担赔偿责任。
- 若车辆挂靠物流公司，且物流公司对事故的发生存在过错（如未尽到安全管理义务），则物流公司也可能需承担部分或全部赔偿责任，具体取决于挂靠协议的约定及法律规定。
二、保险赔付与停运损失
保险赔付范围：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条，机动车发生交通事故造成财产损失的，由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。
- 若侵权人投保了交强险或商业三者险，且保险条款涵盖停运损失赔偿，则保险公司应在保险责任限额内承担赔偿责任。但需注意，部分保险公司可能将停运损失列为免赔范围，此时需查看保险合同的具体约定。
保险赔付不足或未投保的情况：
- 若保险赔付不足或未投保相关保险，侵权人需个人承担停运损失赔偿责任。
- 若物流公司作为挂靠方存在过错，也可能需承担部分赔偿责任。
三、挂靠协议的影响
挂靠协议内容：
- 挂靠协议是车主与物流公司之间关于车辆挂靠、管理、费用分担等事项的约定。若协议中明确约定了事故责任的分担方式，则应按照协议约定执行。
- 若协议未明确约定或约定不明确，则需根据法律规定及实际情况判断责任归属。
物流公司的责任：
- 物流公司作为挂靠方，若未尽到安全管理义务（如未对车辆进行定期检查、未对驾驶员进行安全培训等），导致事故发生，则可能需承担部分或全部赔偿责任。
- 若物流公司已尽到安全管理义务，且事故完全由第三方造成，则物流公司可能无需承担赔偿责任。
四、实际操作建议
收集证据：
- 车主应收集事故认定书、车辆行驶证、驾驶证、挂靠协议、保险单、停运损失证明（如维修发票、运输合同、收入证明等）等证据材料。
协商与诉讼：
- 车主可先与侵权人、物流公司及保险公司协商赔偿事宜。若协商无果，可向人民法院提起诉讼，要求侵权人、物流公司及保险公司承担赔偿责任。
注意诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。车主应在诉讼时效期间内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
总结来说，个人车辆挂靠物流公司发生交通事故时，车主可以主张停运损失赔偿。但具体能否获得赔偿及赔偿金额的大小，需根据事故责任、保险情况及挂靠协议内容综合判断。车主在主张权利时，应收集充分证据并遵循法律程序进行维权。如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。