关于车辆事故中的停运损失是否由保险公司赔偿以及这一做法的合法性，这是一个涉及保险条款、法律法规以及具体情境判断的复杂问题。以下是对此问题的详细解析：
一、停运损失的基本定义
停运损失，指的是依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，在因交通事故导致无法从事相应经营活动时，所产生的合理经济损失。这包括但不限于营业收入的减少、租金的损失等。
二、保险公司赔偿停运损失的常规情况
交强险：
- 交强险主要赔偿因交通事故造成的第三方人身伤亡和直接财产损失。
- 根据《机动车交通事故责任强制保险条款》，停运损失作为间接损失，通常不属于交强险的赔付范围。
商业第三者责任险：
- 大多数商业第三者责任险合同中会包含免责条款，明确不赔偿因保险事故引起的停业、停驶等间接损失，包括停运损失。
- 因此，在常规情况下，商业第三者责任险也不会对停运损失进行赔偿。
车辆损失险：
- 车辆损失险主要赔偿被保险车辆自身因保险事故造成的损失。
- 其保障范围通常不包含车辆停运损失，所以一般不会对停运损失进行赔偿。
三、保险公司可能赔偿停运损失的特殊情况
保险公司未尽到免责条款的提示和明确说明义务：
- 如果保险公司在投保时未对免责条款进行充分提示和明确说明，该免责条款可能不产生效力。
- 在这种情况下，如果发生停运损失，保险公司可能需要承担赔偿责任。
投保人通过特别约定将停运损失纳入保险赔偿范围：
- 如果投保人在投保时与保险公司特别约定，将停运损失纳入赔偿范围，并支付了相应的保费。
- 那么，在发生停运损失时，保险公司应按约定进行赔偿。
购买了专门针对营运车辆营运损失的附加险种：
- 部分保险公司提供专门针对营运车辆营运损失的附加险种。
- 如果车主购买了这种附加险种，并在满足保险合同约定的条件下，停运费可获得相应赔偿。
四、法律层面的支持与依据
- 《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条明确了交通事故损害赔偿的顺序：先由交强险赔付，不足部分由商业险按合同约定赔付，仍不足则由侵权人赔偿。
- 《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条指出，因道路交通事故造成经营性车辆无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人可请求侵权人赔偿。
五、实际操作建议
- 查阅保险合同：仔细审查所购买的保险合同条款，特别是免责条款部分，了解保险公司的具体赔偿范围和免责情形。
- 与保险公司沟通：在遇到停运损失赔偿问题时，首先尝试与保险公司进行沟通协商，了解其赔偿政策和依据。
- 法律途径维权：如果保险公司拒赔且协商无果，可以通过向相关部门投诉、寻求法律援助或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。在此过程中，咨询专业的法律人士是非常重要的。
综上所述，车辆事故中的停运损失是否由保险公司赔偿，取决于具体的保险合同条款、保险公司的政策以及法律法规的规定。在大多数情况下，停运损失应由侵权人承担；但在特定条件下（如保险公司未尽到免责条款的提示义务、投保人通过特别约定或购买了专门附加险种），保险公司也可能承担相应赔偿责任。因此，在处理此类问题时，应综合考虑各方面因素并寻求专业法律意见。