车辆停运损失费通常不被保险公司赔付，因为它被视为间接损失。在交强险和商业三者险的条款中，停运损失往往被列为免责条款。然而，也存在一些特定情况，保险公司可能会考虑赔偿。

首先，我们要明确的是，交强险主要赔偿因交通事故造成的第三方人身伤亡和直接财产损失，而并不涵盖停业、停驶等间接损失，这包括车辆停运损失。在商业第三者责任险中，也通常包含免责条款，明确不赔偿因保险事故引起的停业、停驶等间接损失。

但是，也有一些特殊情况。如果交通事故的责任方明确且存在过错，导致车辆停运，并且经过法院判决认定停运损失应由责任方承担，那么在这种情况下，保险公司可能会在第三者责任险的范围内，根据保险合同的具体约定和司法判决来决定是否赔偿。另外，如果投保人在投保时对免责条款提出询问，而保险公司未充分履行提示和明确说明义务，该免责条款可能不产生效力，保险公司也需对停运损失进行赔偿。还有一种情况是，如果投保人通过与保险公司特别约定，将停运损失纳入赔偿范围，那么保险公司也应按约定进行赔偿。

因此，在处理车辆停运损失费的问题时，建议首先仔细查阅自己所购买的保险合同条款，特别是免责条款部分，了解保险公司的具体赔偿范围和免责情形。如果遇到保险公司拒赔的情况，可以尝试与其进行沟通协商，了解其赔偿政策和依据。如果协商无果，可以考虑通过向相关部门投诉、寻求法律援助或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。在此过程中，咨询专业的法律人士是非常重要的。